工程违约金计算起始时间通常是从违约的第一天开始计算，也就是超过合同约定日期的第一天。违约行为发生之日，违约金的诉讼时效亦开始起算，其后续时间对债权构成或数额变化不产生影响。

法律依据：

• 根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

分析说明：

• 工程延期违约金的计算起始时间是一个明确的法律点，它关乎到权利人的权益保护和违约责任的承担。
• 从违约的第一天开始计算违约金，既符合法律的规定，也体现了对合同双方权益的公平保护。
• 如果合同中有特别约定违约金的计算起始时间，那么应当按照合同的约定执行。但如果合同没有明确约定，那么就应当从违约的第一天开始计算。

结论补充：

• 因此，在实际操作中，如果工程发生了延期，并且合同中没有特别约定违约金的计算起始时间，那么权利人可以从违约的第一天开始主张违约金，以维护自己的合法权益。同时，也需要注意诉讼时效的规定，确保在法定的诉讼时效期间内主张权利。