结论：公司停产两年员工申请仲裁能否拿到经济赔偿金，需根据具体情况判断，包括公司停产的原因、是否与员工解除劳动合同以及解除劳动合同的理由等。以下从不同角度进行分析：
一、公司停产且未与员工解除劳动合同的情况
如果公司停产是由于经营困难、市场变化等非员工过错的原因，且公司并未与员工解除劳动合同，那么员工通常不能直接要求经济赔偿金。因为经济赔偿金一般是在公司违法解除劳动合同的情况下，员工才有权要求支付的。在这种情况下，员工可以关注公司是否按照法律规定支付了停产期间的生活费或基本工资，以及是否继续为员工缴纳社会保险等。
二、公司停产且与员工解除劳动合同的情况
公司合法解除劳动合同：
- 如果公司因停产无法继续经营，且按照《劳动合同法》的规定，提前三十日以书面形式通知员工或者额外支付员工一个月工资后，与员工解除了劳动合同，那么员工通常不能要求经济赔偿金，但可以要求公司支付经济补偿金。
- 经济补偿金的计算方式通常为：按照员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
公司违法解除劳动合同：
- 如果公司停产后，未按照法律规定与员工解除劳动合同，或者解除劳动合同的理由不合法（如以员工轻微违纪为由解除劳动合同，但违纪行为并不严重），那么员工有权要求公司支付经济赔偿金。
- 经济赔偿金的计算方式通常为经济补偿金的两倍，即按照员工在公司工作的年限，每满一年支付两个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付一个月工资的经济赔偿。
三、特殊情况下的经济赔偿金
- 如果公司停产是由于政府行为（如征收、征用等）导致的，且政府给予了公司相应的补偿，但公司未将这部分补偿合理分配给员工，或者公司以停产为由恶意拖欠员工工资、社会保险等，员工在申请仲裁时，除了可以要求公司支付拖欠的工资、社会保险等外，还可以根据具体情况要求公司支付经济赔偿金。
建议：
- 员工在申请仲裁前，应尽可能收集与公司停产、解除劳动合同相关的证据，如劳动合同、工资单、社会保险缴纳记录、公司停产通知、解除劳动合同通知书等。
- 员工可以咨询专业律师（即我，张明珠律师，专注于婚姻家庭、离婚、经济纠纷、劳动纠纷、知识产权、商标权领域），了解自己的权益和可能的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。
- 在申请仲裁时，员工应按照仲裁机构的要求填写仲裁申请书，并提交相关证据材料。仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。