在申请劳动仲裁补偿未交社保的补贴时，养老保险金和医疗保险金一般不需要分开申请，但具体处理方式需结合实际情况判断。以下是详细分析：

1. 从社保补贴的整体性来看
   社保包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等多个险种。当用人单位未依法缴纳社保，劳动者申请仲裁要求补缴或补偿时，通常是将社保作为一个整体来主张权利。仲裁机构或法院在处理时，也会综合考虑用人单位未缴纳社保的整体情况，对劳动者因未缴纳社保所遭受的损失进行全面审查和认定，而不是将各个险种割裂开来单独处理。所以从这个角度讲，不需要分开申请养老保险金和医疗保险金的补贴。

2. 从实际损失的分别主张角度
   如果劳动者能够明确区分因未缴纳养老保险和未缴纳医疗保险分别给自己造成的具体损失，并且有充分的证据予以证明，那么在仲裁申请中可以分别列明这两项损失的诉求。例如，劳动者因未缴纳医疗保险，在就医时自行承担了本应由医保报销的医疗费用，这部分费用就是明确的医疗保险方面的损失；而因未缴纳养老保险，导致退休后无法领取养老金或者养老金数额减少等损失，也可以单独列出。不过，即便分别列明诉求，在仲裁程序中也是在一个案件中统一进行审理和裁决，而不是分别立案、分别审理。

3. 从仲裁实践的操作便利性角度
   为了便于仲裁机构审理和提高仲裁效率，劳动者在申请仲裁时，最好将因未缴纳社保所涉及的各种损失诉求一并提出。这样仲裁机构可以一次性全面了解案件情况，对劳动者的各项诉求进行综合判断和裁决，避免因多次申请仲裁而增加不必要的诉讼成本和时间成本。

建议：在申请劳动仲裁前，劳动者要尽可能收集与未缴纳社保相关的证据，如工资条、劳动合同、工作证明、医疗费用票据等，以证明用人单位未缴纳社保的事实以及自己因此遭受的损失。同时，可以咨询专业人士，准确计算各项损失的数额，合理提出仲裁诉求。如果你还有其他关于劳动仲裁或社保方面的问题，欢迎直接向我咨询。