外卖超时扣百分之1000的款项，这种做法一般是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：

1. 合同法的角度：

   • 外卖平台与商家或配送员之间通常会签订服务合同，其中会明确双方的权利和义务，包括超时配送的处罚措施。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的内容应当公平合理，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
   • 扣百分之1000的款项，这种处罚力度显然过于严苛，可能构成对合同相对方的不公平对待，违反了合同法的公平原则。

2. 劳动法的角度（如果涉及配送员）：

   • 如果外卖平台与配送员之间存在劳动关系，那么平台对配送员的处罚应当受到《中华人民共和国劳动法》的约束。
   • 劳动法规定，用人单位不得随意克扣劳动者的工资，且克扣工资的比例和方式应当合理合法。
   • 扣百分之1000的款项，显然远远超出了合理合法的范围，可能构成对配送员劳动权益的侵害。

3. 消费者权益保护的角度：

   • 虽然外卖超时主要影响的是消费者的用餐体验，但平台对商家或配送员的过度处罚也可能间接影响到消费者的权益。
   • 如果平台因为过度处罚导致商家或配送员减少，可能会影响到外卖服务的整体质量和效率，从而损害消费者的利益。
   • 此外，如果平台将超时配送的处罚成本转嫁给消费者（如通过提高配送费等方式），也违反了消费者权益保护的相关规定。

4. 实际操作中的合理性：

   • 在实际操作中，外卖平台通常会设定一定的超时配送处罚措施，以激励商家和配送员提高服务效率。
   • 然而，这些处罚措施应当合理适度，既要起到激励作用，又不能过于严苛导致不公平。
   • 扣百分之1000的款项显然超出了合理适度的范围，可能引发商家和配送员的不满和抵触情绪，反而不利于外卖服务的整体发展。

建议：

• 如果你是商家或配送员，遇到外卖平台超时扣百分之1000的款项的情况，可以先与平台进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 如果沟通无果，你可以考虑向相关监管部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
• 如果你是消费者，发现外卖平台存在不合理的处罚措施或侵害消费者权益的行为，也可以向相关监管部门举报或投诉。

总之，外卖超时扣百分之1000的款项的做法一般是不合法的，既违反了合同法的公平原则，也可能构成对劳动法或消费者权益保护法的违反。如果遇到这种情况，建议及时寻求法律帮助以维护自己的权益。