当合同上约定的工资明显低于实际发放工资时，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
核实差异原因：
- 首先，劳动者应仔细核实劳动合同中约定的工资与实际发放工资之间的差异原因。这种差异可能源于用人单位的不当目的，如避税或降低社保缴费基数，也可能是双方在签订劳动合同时对工资构成（如基本工资、绩效工资、奖金、津贴等）没有明确约定。
收集并保留证据：
- 劳动者需要收集能够证明实际工资标准的证据，这是解决问题的关键。常见证据包括工资条、银行工资流水明细、奖金发放记录、工作相关记录（如电子邮件、聊天记录提及工资调整的信息）、工作证、考勤记录等。这些证据将有助于劳动者在后续的协商、投诉、仲裁或诉讼过程中证明自己的实际工资水平。
与用人单位协商：
- 在收集好证据后，劳动者应首先与用人单位进行友好沟通，指出工资不一致的情况，并要求调整劳动合同或签订补充协议明确工资标准。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且应当采用书面形式。在协商过程中，劳动者应保留好沟通记录，如邮件往来、短信记录或录音等，以备后续可能需要。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。投诉时，劳动者需要提交书面投诉材料，并附上劳动合同、工资条、银行工资流水等相关证据。劳动监察部门将调查用人单位的工资支付情况，并责令其改正违法行为，补足工资差额。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门的处理未能满足个人诉求，或劳动者希望通过更具权威性的途径解决纠纷，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁时，劳动者需要提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会将依法审理并作出裁决，要求用人单位按照正确的工资标准支付工资，并可能支付相应的经济补偿。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应按时足额支付劳动报酬，若拖欠或未足额支付，劳动者有权申请仲裁。
提起诉讼：
- 若劳动者对仲裁结果不满意，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。法院将根据相关法律法规和证据进行审理，若劳动者的诉求合理合法，法院可能判决用人单位支付工资差额、经济补偿等。
注意事项：
- 及时维权：劳动者在发现劳动合同工资与实际工资不一致时，应及时采取措施维护自己的权益，避免超过仲裁时效或诉讼时效。
- 保留证据：在整个维权过程中，劳动者应妥善保管好所有相关证据，如工资条、银行工资发放记录、协商记录、仲裁裁决书等。
- 熟悉法律法规：了解《中华人民共和国劳动合同法》、《劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，以便更好地维护自身权益。
法律后果与风险防范：
- 如果用人单位未按照实际规定的薪资支付劳动报酬，可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令限期支付、加付赔偿金等。在极端情况下，公司可能被追究刑事责任（如逾期不支付劳动报酬的金额较大或持续时间较长等）。
- 对于劳动者而言，签订劳动合同时应仔细审阅合同条款，特别是薪资部分，确保自己的权益得到保障。对于用人单位而言，应严格遵守法律法规和劳动合同的规定，按时足额支付员工薪资，避免不必要的法律风险。
示例说明：
假设劳动者小张与用人单位签订的劳动合同中约定的月工资为5000元，但实际发放的工资为8000元。小张在发现这一差异后，首先收集了工资条、银行工资流水等证据，然后与用人单位进行了协商。协商无果后，小张向当地劳动监察部门投诉，并提交了相关证据。劳动监察部门调查后责令用人单位补足工资差额。若用人单位仍不履行，小张可以进一步申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。