针对员工贪污导致公司亏损的情况，公司可采取以下法律措施进行处理：

1. 内部调查与证据固定
   公司应立即启动内部调查程序，收集贪污行为的直接证据（如财务记录、转账凭证、监控录像等）及间接证据（如证人证言、异常交易记录等）。若涉及金额较大或情节复杂，建议委托专业审计机构或律师介入，确保证据链完整且符合法律要求。根据《刑事诉讼法》第五十条，证据需具备客观性、关联性、合法性，否则可能被排除。

2. 刑事报案与司法追责
   若贪污行为涉嫌犯罪（如职务侵占罪、挪用资金罪等），公司应向公安机关经济犯罪侦查部门报案。根据《刑法》第二百七十一条，职务侵占罪数额较大的（6万元以上），可处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的（100万元以上），可处三年以上十年以下有期徒刑。公司需配合司法机关调查，提供证据材料，并可提起刑事附带民事诉讼，要求赔偿损失。

3. 民事索赔与内部追偿
   公司可依据《民法典》第一百七十九条，以侵权责任纠纷为由向法院起诉员工，要求返还贪污款项并赔偿损失（如利息、调查费用等）。若员工已离职，仍可追究其民事责任。同时，公司可依据《劳动合同法》第三十九条，以“严重违反用人单位规章制度”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。若员工行为给公司造成重大损失，公司还可依据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工赔偿部分或全部损失（需注意赔偿比例合理性）。

4. 内部合规整改与风险防范
   公司应完善财务审批制度、岗位分离制度等内部控制措施，例如：

   • 设立双人复核机制，避免单一员工掌握资金全流程；
     
   • 定期审计关键岗位，尤其是财务、采购等高风险部门；
     
   • 建立员工廉洁承诺制度，明确违规后果；
     
   • 开展反贪污培训，强化员工法律意识。
     根据《企业内部控制基本规范》，公司需对贪污事件进行根本原因分析，防止类似事件再次发生。

5. 特殊情形处理

   • 若员工为国企或金融机构人员：可能涉及贪污罪或挪用公款罪，刑事追责更严厉（《刑法》第三百八十二条、第三百八十四条）；
     
   • 若员工与外部人员勾结：可能构成共同犯罪，需一并追究外部人员责任；
     
   • 若公司已购买雇主责任险或财产保险：可向保险公司申报理赔，但需注意保险条款中关于“员工故意行为”的免责约定。

建议：公司应优先固定证据并报案，同时评估损失范围以确定民事索赔金额。若需进一步协助调查取证或起草法律文书，可直接向我咨询。