结论前置：员工违反合同规定，用人单位仍需支付工资，但可根据具体情况主张违约赔偿或扣除部分工资（需符合法定条件）。以下分情况说明：

1. 工资支付义务的独立性

根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资支付是用人单位的法定义务，与员工是否违约无直接关联。即使员工存在违反合同的行为（如旷工、泄露商业秘密等），用人单位仍需支付其已提供劳动部分的工资，不得以“违约”为由拒付全部工资。

2. 用人单位的救济途径

若员工违约给用人单位造成损失，用人单位可通过以下方式主张权利：

• 追偿损失：根据《劳动合同法》第九十条，劳动者违反劳动合同约定解除合同，或违反保密义务、竞业限制约定，给用人单位造成损失的，应承担赔偿责任。用人单位可要求员工赔偿实际损失，但需举证损失与违约行为的因果关系。
• 扣除工资的法定限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若合同未约定赔偿方式，用人单位不得擅自扣发工资。

3. 特殊情形：严重违纪的解除合同

若员工违反合同的行为达到《劳动合同法》第三十九条规定的“严重违纪”情形（如严重失职、被依法追究刑事责任等），用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。但解除合同前已提供劳动的工资仍需支付，仅无需支付解除合同的经济补偿或赔偿金。

4. 实务建议

• 合同条款设计：用人单位应在劳动合同中明确违约情形、赔偿责任及工资扣除条款，避免因约定不明导致维权困难。
• 证据固定：若员工违约，用人单位需及时固定证据（如书面违纪通知、损失证明等），以便后续主张权利。
• 合法维权：用人单位不得以“罚款”“扣发全部工资”等方式变相惩罚员工，否则可能面临劳动监察处罚或员工仲裁反诉。

总结：工资支付与违约责任是独立法律关系，用人单位需先履行支付义务，再通过合法途径追究违约责任。如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。