综合工时计算工资的员工辞职，在符合法定情形时是有补偿的。以下从不同角度为您详细分析：

一、经济补偿的法定情形

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工辞职时能否获得经济补偿，主要取决于辞职的原因。具体来说：

1. 员工主动辞职且无用人单位过错：如果员工是因个人原因主动提出辞职，且用人单位不存在《劳动合同法》第三十八条规定的过错情形（如未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等），则员工通常无法获得经济补偿。

2. 用人单位存在过错导致员工辞职：如果员工是因为用人单位存在《劳动合同法》第三十八条规定的过错情形而提出辞职的，员工有权要求用人单位支付经济补偿。这些过错情形包括但不限于：未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等。

3. 用人单位提出协商解除劳动合同：如果用人单位与员工协商一致解除劳动合同，且是由用人单位提出解除的，员工也有权获得经济补偿。

二、综合工时制对经济补偿的影响

综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许用人单位在保障劳动者身体健康并充分听取劳动者意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保劳动者的休息休假权利和生产、工作任务的完成。在综合工时制下，员工的工资计算可能涉及加班费等问题，但这并不影响员工在符合法定情形时获得经济补偿的权利。

三、经济补偿的计算方式

如果员工符合获得经济补偿的条件，经济补偿的计算方式如下：

• 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
• 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
• 劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
• 此处所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

举例说明：假设员工在用人单位工作了3年，月工资为5000元，且因用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费而提出辞职。那么，员工有权获得的经济补偿为：3年 × 5000元/年 = 15000元。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：如果员工认为用人单位存在过错导致自己辞职，应保留好相关证据，如工资条、工作记录、沟通记录等，以便在需要时证明自己的主张。

2. 协商与调解：在辞职前，员工可以尝试与用人单位进行协商，看是否能够达成一致的解决方案。如果协商不成，也可以寻求劳动调解机构的帮助。

3. 法律途径：如果协商和调解均无法解决问题，员工可以通过法律途径维护自己的权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

如果您在综合工时制下辞职并涉及经济补偿问题，或者有其他任何法律疑问，都可以直接向我咨询。