综合工时制员工离职时，一般不存在法律意义上的“负工时”概念，但需根据具体情况判断是否需补足工时或承担相应责任。以下从不同角度为您详细分析：
1. 综合工时制的基本规则
综合工时制是以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。超出部分视为加班，需支付加班费（工作日超时按150%支付，法定休假日工作按300%支付）。若员工在综合计算周期内实际工作时间未超过法定标准，则不存在“欠工时”问题。
2. 离职时“欠工时”的处理
若处于计算周期内且实际工作时间未达标：
根据《劳动法》及相关规定，用人单位一般不得克扣员工正常出勤工资。但若员工未按规定履行请假手续导致“欠工时”（如无故缺勤），用人单位可依据合法有效的规章制度（如考勤制度、奖惩制度）进行处理，例如扣减绩效工资或要求补足工时（但需与员工协商一致）。
若已超出计算周期：
综合工时制的计算周期结束后，用人单位需统计员工实际工作时间。若未超法定标准，则无需补足；若超标，则需支付加班费。离职时已结束的周期内不存在“欠工时”问题。
3. 争议解决建议
协商优先：
若用人单位以“欠工时”为由克扣工资，员工可先与单位协商，明确“欠工时”的具体原因（如是否因个人原因缺勤、单位是否未安排足够工作等）。
投诉或仲裁：
协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，要求用人单位支付克扣的工资及加班费。
4. 典型案例参考
某员工所在单位实行综合工时制（以季度为周期）。该员工在季度内实际工作450小时，未超过法定标准（500小时）。离职时，单位以其“欠工时”为由克扣工资。经仲裁，裁决单位需全额支付工资，因员工未超法定工作时间，且单位未证明“欠工时”系员工责任。
5. 法律风险提示
用人单位风险：
若单位无合法依据克扣工资，可能面临劳动监察处罚或仲裁败诉，需支付工资及赔偿金。
员工风险：
若员工确因个人原因（如未请假缺勤）导致“欠工时”，且单位规章制度明确规定处理方式，员工可能需承担相应责任（如扣减绩效）。
总结建议：
如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会为您详细分析。