您好，关于综合工时制辞职后工资的结算问题，这是一个涉及劳动者权益的重要环节，需要严格遵循相关法律法规和双方约定来进行。以下是我为您详细梳理的工资结算流程和相关注意事项：
一、工资结算时间
根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，在您办理完离职手续后，用人单位应当立即结清工资。当然，如果双方有明确的约定，并且这个约定不违反法律法规，比如约定在下一个工资发放日统一发放离职工资，那么也是可以接受的。但无论如何，用人单位都不能无故拖延支付工资。
二、工资结算标准
基本工资：这部分工资是根据劳动合同约定的工资标准和您的实际出勤天数来计算的。比如，如果您的月工资是5000元，当月应出勤22天，但您实际出勤了15天，那么您应得的基本工资就是5000元除以22天再乘以15天，大约是3409.09元。
加班工资：在综合工时制下，加班工资的计算可能会有些特殊。但无论如何，如果存在加班情形，用人单位都应按照法律规定的加班工资计算标准来支付。平时加班一般按不低于工资的150%支付，休息日加班又不能安排补休的，按不低于工资的200%支付，法定休假日加班的，则按不低于工资的300%支付。
奖金、津贴和补贴：这部分收入是根据您的实际工作情况和公司的相关制度来确定的。如果您符合发放条件，用人单位应按照约定或公司制度进行核算并支付。
三、特殊情况处理
经济补偿金：如果因为用人单位存在未足额支付工资、未依法缴纳社会保险等违法行为而导致您辞职，那么除了结清工资外，用人单位还需要支付经济补偿金。经济补偿金按照您在本单位的工作年限来计算，每满一年支付一个月工资的标准向您支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。
未休年假工资：如果您在离职前还有未休的年假，用人单位应根据您当年已工作时间折算应休未休年休假天数，并按照日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入）。
四、支付方式
为了确保工资支付的透明度和可追溯性，用人单位应通过银行转账等合法方式进行工资支付，避免现金支付可能带来的纠纷和风险。
五、维权途径
如果用人单位未按规定及时足额支付您的离职工资，您可以采取以下措施来维护自身权益：
首先尝试与用人单位友好沟通，明确指出其应履行的工资支付义务，要求尽快结算工资。
如果协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令其限期支付。
您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律程序要求用人单位支付工资及可能的赔偿金。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
综上所述，综合工时制辞职后的工资结算需要严格遵循相关法律法规和双方约定来进行。希望这些信息能对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。