甲方以农民工工资支付乙方工程款，这一做法通常是不合规的。下面我将从多个角度详细分析这一问题：
法律合规性角度
工程款支付规定：
- 根据一般的工程合同和建筑法规，工程款应当按照合同约定的方式和时间支付给乙方（即承包方或施工方）。工程款通常包括材料费、人工费、管理费、利润等各项费用，是乙方完成工程任务后应得的报酬。
- 农民工工资是乙方在施工过程中支付给其雇佣的农民工的劳动报酬，属于乙方成本的一部分。将农民工工资直接作为工程款支付给乙方，混淆了工程款和农民工工资的概念，不符合工程款支付的常规做法。
农民工工资支付保障：
- 为了保障农民工的合法权益，国家出台了一系列法律法规，要求施工单位（乙方）按时足额支付农民工工资，并建立了农民工工资专用账户制度、工资保证金制度等保障措施。
- 如果甲方直接将农民工工资作为工程款支付，可能会绕过这些保障措施，导致农民工工资支付得不到有效监管，增加拖欠农民工工资的风险。
实际操作角度
合同履行问题：
- 甲方和乙方在签订工程合同时，通常会明确约定工程款的支付方式、时间和金额等条款。如果甲方擅自改变支付方式，以农民工工资支付工程款，可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
- 乙方在收到甲方支付的款项后，需要按照合同约定和法律规定，将其中属于农民工工资的部分及时足额支付给农民工。如果甲方直接支付农民工工资，可能会干扰乙方的正常财务管理和合同履行。
税务和财务处理问题：
- 从税务和财务处理的角度来看，工程款和农民工工资属于不同的经济业务类型，需要分别进行账务处理和税务申报。如果甲方将农民工工资作为工程款支付，可能会给乙方的税务和财务处理带来不必要的麻烦和风险。
法律建议
遵守合同约定：
- 甲方和乙方应当严格遵守工程合同的约定，按照约定的方式和时间支付工程款。如果需要变更支付方式或金额等条款，应当经过双方协商一致并签订书面变更协议。
保障农民工工资支付：
- 乙方应当建立完善的农民工工资支付制度，确保按时足额支付农民工工资。甲方可以要求乙方提供农民工工资支付证明或相关凭证，以监督乙方履行支付义务。
寻求法律帮助：
- 如果甲方或乙方在工程款支付或农民工工资支付方面遇到法律问题或纠纷，可以及时向我咨询或寻求其他专业法律帮助，以维护自身合法权益。
综上所述，甲方以农民工工资支付乙方工程款的做法通常是不合规的。为了保障双方的合法权益和工程的顺利进行，建议甲方和乙方严格遵守合同约定和法律法规规定，确保工程款和农民工工资的支付合法、合规、有序进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。