挂靠别人公司做工程，公司收取印花税、个人所得税、管理费是否合法，需分情况讨论：

1. 印花税

   • 合法性分析：印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证所征收的一种税。在建设工程领域，如果挂靠方与被挂靠公司之间签订了相关合同（如工程承包合同、分包合同等），且这些合同属于印花税的征税范围，那么按照税法规定，应当缴纳印花税。因此，如果公司收取的是基于这些合同应缴纳的印花税，且计算方式和金额均符合税法规定，那么这种收取是合法的。
   • 建议：挂靠方应确认合同是否属于印花税征税范围，并核对公司收取的印花税金额是否与税法规定相符。

2. 个人所得税

   • 合法性分析：个人所得税是针对个人所得收入征收的一种税。在挂靠关系中，如果挂靠方以被挂靠公司的名义从事工程活动并获得收入，那么这部分收入在税法上可能被视为被挂靠公司的收入，但最终应由实际获得收入的个人（即挂靠方）缴纳个人所得税。然而，如果公司直接从挂靠方的收入中扣除个人所得税，并声称这是代扣代缴，那么需要确认这种代扣代缴是否符合税法规定，以及公司是否具备代扣代缴的资质。通常情况下，个人所得税应由个人自行申报缴纳，除非有明确的代扣代缴协议且符合税法规定。
   • 建议：挂靠方应了解个人所得税的缴纳规定，并确认公司是否具备代扣代缴资质。如果公司未经授权擅自扣除个人所得税，挂靠方有权提出异议并要求公司纠正。

3. 管理费

   • 合法性分析：管理费是挂靠方为使用被挂靠公司的资质、品牌、管理资源等而支付的费用。这种费用的合法性取决于双方之间的合同约定以及是否违反相关法律法规。如果双方签订了明确的挂靠协议，且协议中规定了管理费的支付方式和金额，且这种约定不违反法律法规的强制性规定（如不构成不正当竞争、不损害国家利益和社会公共利益等），那么公司收取管理费是合法的。
   • 风险点：然而，需要注意的是，挂靠行为本身在建设工程领域可能存在一定的法律风险。根据相关法律法规，建设工程承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人，或者将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转包给第三人。如果挂靠行为被认定为转包或违法分包，那么双方可能面临行政处罚甚至法律责任。此外，如果管理费过高或存在其他不合理条款，也可能引发纠纷。
   • 建议：挂靠方在签订挂靠协议前，应仔细审查协议条款，确保管理费的支付方式和金额合理合法。同时，应了解挂靠行为的法律风险，并谨慎考虑是否进行挂靠。如果决定挂靠，应选择信誉良好、资质齐全的公司进行合作，并签订详细的挂靠协议以明确双方的权利义务。

总结与提醒：在挂靠别人公司做工程时，公司收取印花税、个人所得税（需确认代扣代缴的合法性）、管理费是否合法，需根据具体情况和合同约定来判断。挂靠方应仔细审查合同条款和税法规定，确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。