当员工在怀孕期间遇到公司注销的情况，其赔偿权益确实是一个需要细致解析的问题。以下是对此问题的全面、详细解答，旨在帮助孕期女职工了解并维护自己的合法权益。

一、经济补偿

法律依据： 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司因注销导致劳动合同终止的，应向劳动者支付经济补偿。

计算标准：

• 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。
• “月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若月工资高于当地职工月平均工资三倍的，则按三倍数额支付，且最高支付年限不超过十二年。

特殊考虑： 对于孕期女职工，部分地区司法实践可能支持其要求支付至哺乳期满的工资和社会保险费用等合理诉求，以保障其基本生活和生育权益。但具体支持程度需依据当地劳动争议仲裁机构或法院的裁判尺度和实际情况来确定。

二、生育保险待遇

• 公司应为孕妇缴纳生育保险，确保其享受生育津贴、生育医疗费用等待遇。
• 若公司未缴纳生育保险，则应承担相应费用，包括检查费、接生费、手术费、住院费和药费等。

三、其他特殊劳动保护权益

• 孕妇在孕期享有特殊的劳动保护，如不得安排禁忌劳动、适当减轻劳动强度等。
• 公司注销过程中应确保这些权益不受损害，包括产假工资、哺乳期工资等。

四、公司注销后的责任承担与赔偿获取途径

责任承担：

• 若公司未经依法清算即办理注销登记，且股东或第三人在注销时承诺对公司债务承担责任，则由他们承担经济补偿责任。

赔偿获取途径：

1. 与原公司股东协商：首先尝试与原公司股东沟通，说明情况并要求支付赔偿。
2. 申请劳动仲裁：若协商不成，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交相关证据材料，如劳动合同、工资条、工作证、公司注销公告等。
3. 提起诉讼：对仲裁结果不满意时，可在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护权益。

五、实际案例与计算示例

假设怀孕员工小李在公司工作了4年，其前十二个月平均工资为6000元。若公司因注销而终止劳动合同，则公司应支付给小李的经济补偿金为4×6000=24000元。若小李还处于孕期，且当地司法实践支持支付至哺乳期满的工资，则公司可能还需额外支付这部分费用。

六、公司违法解除的情况

如果公司以注销为借口违法辞退怀孕员工，根据《劳动合同法》第八十七条的规定，公司将面临更严重的法律后果，即需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

综上所述，怀孕期间公司注销的赔偿问题涉及多个方面，女职工应充分了解自己的合法权益，并通过合法途径积极维护。同时，也建议公司在注销过程中严格遵守相关法律法规，确保孕期女职工的权益得到充分保障。