检察院认定违反法律规定后，会根据违法行为的性质、情节及社会危害程度，依法采取不同的处理措施。具体处理方式如下：

1. 提出检察建议
   对于情节轻微、尚未构成犯罪的违法行为，检察院可向相关单位或个人提出检察建议，督促其纠正违法行为、完善管理机制或履行法定职责。例如，针对企业环保违规行为，检察院可建议环保部门加强监管，或要求企业整改并赔偿损失。

2. 提起公益诉讼
   若违法行为损害国家利益或社会公共利益（如环境污染、食品药品安全等），检察院可直接向法院提起公益诉讼，要求违法主体承担民事责任（如赔偿损失、恢复原状）或行政责任（如撤销违法行政行为）。

3. 移送行政机关处理
   对尚不构成犯罪但需行政处罚的违法行为（如行政违法、轻微经济违规），检察院会将案件移送至有管辖权的行政机关（如市场监管局、税务局等），由其依法作出罚款、没收违法所得、吊销许可证等行政处罚。

4. 移送公安机关立案侦查
   若违法行为涉嫌犯罪（如贪污贿赂、渎职侵权、危害公共安全等），检察院会将案件移送公安机关立案侦查，后续可能由检察院提起公诉，追究刑事责任。例如，对涉嫌职务犯罪的公职人员，检察院会依法启动刑事追责程序。

5. 直接提起公诉
   在特定情况下（如直接受理的刑事案件），检察院可直接对犯罪嫌疑人提起公诉，要求法院审判并定罪量刑。例如，对监察机关移送的职务犯罪案件，检察院审查后认为证据充分、犯罪事实清楚的，会直接向法院提起公诉。

法律依据：

• 《中华人民共和国人民检察院组织法》第二十条：检察院行使法律监督职权，可提出检察建议、纠正违法通知、抗诉或提起公益诉讼。
  
• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条：检察院认为犯罪事实已查清、证据确实充分，应依法提起公诉。
  

建议：
若您或您的单位被检察院认定存在违法行为，建议立即委托律师介入，分析案件性质、评估法律风险，并制定应对策略（如配合调查、申请听证、提出异议等）。具体处理方式需结合案件细节，您可直接向我咨询相关法律问题。