结论：先个人签订协议，再以公司名义结算，这种操作方式是否合法，需根据具体情况来判断，主要涉及合同主体、代理权限及公司内部决策程序等法律问题。以下从不同角度进行分析：
一、合同主体与代理权限角度
个人作为公司代理人签订协议：
- 若个人在签订协议时，明确表明其代表公司，且具有公司授予的合法代理权限（如授权委托书），则该协议直接约束公司与相对方，个人行为视为公司行为。在此情况下，后续以公司名义结算，是合法且合理的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百六十二条：“代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。”
个人无代理权限签订协议：
- 若个人在签订协议时，未表明其代表公司，或虽表明但无合法代理权限，则该协议原则上仅约束个人与相对方。若后续公司以自身名义进行结算，可能涉及无权代理或表见代理的问题，需根据具体情况判断公司是否需承担责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百七十一条：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，，对被代理人不发生效力。”以及第一百七十二条：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。”
二、公司内部决策程序角度
公司内部决策程序合规：
- 即使个人具有合法代理权限，若公司内部决策程序（如董事会决议、股东会决议等）未对签订该协议及后续结算进行明确授权或批准，也可能引发公司内部治理问题，但不影响协议对外效力。不过，公司可能因此对相关责任人进行内部追责。
公司内部决策程序不合规：
- 若公司内部决策程序未遵循相关法律法规或公司章程规定，如未召开必要会议、未形成有效决议等，可能影响公司对外行为的合法性及内部治理的有效性。但同样，这主要影响公司内部关系，不影响协议对外的法律效力（除非相对方明知或应知内部程序不合规）。
三、实际操作建议
- 明确代理权限：在个人代表公司签订协议前，应确保个人具有合法、明确的代理权限，并保留相关授权文件作为证据。
- 遵循公司内部决策程序：公司应建立健全内部决策机制，确保对外行为（如签订协议、结算等）均经过合法、有效的内部决策程序。
- 及时沟通与确认：在协议签订及履行过程中，公司应与相对方保持密切沟通，及时确认协议内容、履行情况及结算方式等，避免产生纠纷。
总结：先个人签订协议再以公司名义结算是否合法，需根据个人是否具有合法代理权限、公司内部决策程序是否合规等因素综合判断。为确保合法合规，建议公司在对外行为前明确代理权限、遵循内部决策程序，并及时与相对方沟通确认。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。