结论：公司申报基本工资为4000元是否合法，需结合具体情况判断，包括劳动合同约定、实际工资发放情况、地区最低工资标准等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同约定

根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条，劳动合同应当明确约定劳动报酬条款，包括工资标准、支付方式等。若劳动合同中明确约定基本工资为4000元，且该约定不违反法律法规强制性规定（如最低工资标准），则公司申报基本工资为4000元是合法的。

法律依据：

• 《劳动合同法》第十七条：劳动合同应当具备以下条款：……（六）劳动报酬；……
• 《劳动合同法》第十八条：劳动合同对劳动报酬和劳动条件等标准约定不明确，引发争议的，用人单位与劳动者可以重新协商；协商不成的，适用集体合同规定；没有集体合同或者集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬；没有集体合同或者集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定。

2. 实际工资发放情况

若劳动合同未明确约定基本工资，或约定与实际发放不符，需结合实际工资发放情况判断。根据《工资支付暂行规定》第七条，工资至少每月支付一次，且需提供工资清单。若公司实际发放的工资（包括基本工资、奖金、津贴等）不低于劳动合同约定或地区最低工资标准，且工资清单中明确列明基本工资为4000元，则申报合法。

法律依据：

• 《工资支付暂行规定》第七条：工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
• 《工资支付暂行规定》第六条：用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。

3. 地区最低工资标准

根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若公司申报的基本工资4000元低于当地最低工资标准，则属于违法行为。

法律依据：

• 《劳动法》第四十八条：国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

4. 工资结构与申报合法性

若公司申报的基本工资4000元仅为工资结构中的一部分（如基本工资+绩效工资+奖金等），且实际发放的总工资不低于劳动合同约定或地区最低工资标准，则申报合法。但需注意，若公司通过拆分工资结构（如将部分工资申报为“补贴”或“福利”）以规避税收或社保缴纳义务，则可能涉及违法。

建议：

1. 核对劳动合同：确认劳动合同中是否明确约定基本工资为4000元。
2. 审查工资清单：要求公司提供工资清单，核对实际发放工资与申报工资是否一致。
3. 咨询当地劳动部门：若对工资申报合法性存疑，可向当地劳动监察部门咨询或投诉。

总结：公司申报基本工资为4000元是否合法，需结合劳动合同约定、实际工资发放情况、地区最低工资标准等因素综合判断。若您对具体情况有疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业法律意见。