结论前置：公司司机出车祸后辞职，公司一般不应随意扣工资，但具体是否扣工资需根据车祸责任、公司规章制度及劳动合同约定等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、基于劳动合同与工资支付的一般原则
根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，除非有法定或约定的扣除工资的情形，否则公司不得随意扣除司机的工资。
二、车祸责任与工资扣除的关系
司机全责或主要责任：
- 如果车祸是由于司机的故意或重大过失造成的，且给公司造成了经济损失，公司可能会根据内部规章制度或劳动合同的约定，要求司机承担部分或全部损失。但这种扣除通常需要事先有明确的约定，并且扣除的金额应合理，不得超过司机当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 若公司规章制度或劳动合同中未明确约定，或约定不明确，公司则无权直接扣除司机工资。此时，公司应通过协商、调解或诉讼等合法途径解决损失赔偿问题。
司机无责或次要责任：
- 如果车祸是由于第三方原因或不可抗力造成的，司机无责或仅承担次要责任，那么公司无权因车祸而扣除司机的工资。司机有权按照劳动合同的约定获得全额工资。
三、公司规章制度与劳动合同的约定
- 公司规章制度：公司应制定合法、合理的规章制度，明确在何种情况下可以扣除员工工资，以及扣除的比例和限额。这些规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，否则可能因程序不合法而无效。
- 劳动合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了车祸责任与工资扣除的相关条款，且这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定履行。
四、实际操作建议
司机方面：
- 在辞职前，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权利和义务。
- 如果公司提出扣除工资，应要求公司出具书面通知，并明确扣除的原因、金额和依据。
- 如认为公司扣除工资不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
公司方面：
- 应制定合法、合理的规章制度，并确保这些制度经过民主程序制定并向员工公示或告知。
- 在扣除员工工资前，应确保有明确的法律依据或合同约定，并确保扣除的金额合理、合法。
- 如与员工就工资扣除问题产生争议，应积极与员工协商解决，或通过调解、仲裁等合法途径解决。
总结来说，公司司机出车祸后辞职，公司是否应扣工资需根据具体情况判断。如果车祸责任在司机且给公司造成损失，且公司规章制度或劳动合同中有明确约定，公司可能可以扣除部分工资；但扣除应合理、合法，并遵循相关程序。如果车祸责任不在司机或公司规章制度、劳动合同中无明确约定，公司则无权扣除司机工资。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。