公司扣新员工补贴是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、补贴性质与劳动合同约定
若补贴属于工资组成部分：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果新员工补贴是作为工资的一部分，在劳动合同中有明确约定，那么公司无故扣除该补贴即构成违法，员工有权要求公司补发。
若补贴为福利待遇且劳动合同有约定：
- 福利待遇是公司为了吸引和留住员工而提供的一种额外补偿，如交通补贴、餐补等。
- 如果这些补贴在劳动合同中有明确约定，且公司无故扣除，同样构成违约，员工可以依据劳动合同要求公司恢复补贴发放或进行赔偿。
二、公司规章制度与合法性审查
公司规章制度合法性：
- 公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示。
- 如果公司规章制度中明确规定了扣除补贴的情形，且这些情形不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除补贴可能是合法的。
扣除补贴的合理性：
- 即使公司规章制度中规定了扣除补贴的情形，也需要考虑这些情形是否合理。例如，因员工轻微违纪而扣除全部补贴可能显得过于严苛，可能不被视为合法合理的行为。
三、实际操作建议
核对劳动合同与规章制度：
- 新员工应仔细核对自己的劳动合同和公司规章制度，了解补贴的性质、发放条件以及扣除情形。
与公司沟通协商：
- 如果发现公司无故扣除补贴，新员工应首先与公司进行沟通协商，了解扣除原因并要求公司给出合理解释。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，新员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设新员工小李与公司签订的劳动合同中明确约定了每月发放500元的交通补贴。然而，在入职后的第三个月，公司以小李迟到为由扣除了当月的交通补贴。在此情况下，如果公司规章制度中并未明确规定迟到可以扣除全部交通补贴，或者该规定本身不合理，那么小李有权要求公司补发被扣除的补贴。
总结：公司扣新员工补贴是否合法，取决于补贴的性质、劳动合同的约定以及公司规章制度的合法性和合理性。新员工在遇到此类问题时，应仔细核对相关合同和规章制度，与公司进行沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。