结论前置：员工因违规获得的学历被收回，但其实际提供了劳动，一般情况下工资不需要退回，但若因学历问题导致劳动合同无效或部分无效，且员工因此获得了不当利益，可能需要退回部分或全部工资。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同效力与工资支付
劳动合同效力：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的效力取决于其是否违反法律、行政法规的强制性规定，以及是否以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同。
- 若员工通过违规手段获得学历，并以此作为订立劳动合同的重要条件，而该学历被收回，可能构成欺诈，导致劳动合同无效或部分无效。但关键在于，学历是否为劳动合同订立的核心要素，以及该欺诈行为是否直接影响了劳动合同的履行。
工资支付：
- 工资是员工因提供劳动而应得的报酬。只要员工实际提供了劳动，且该劳动符合劳动合同的约定，用人单位就应当支付工资。
- 若劳动合同因学历问题被认定为无效或部分无效，但员工已经实际提供了劳动，且该劳动对用人单位具有实际价值，那么用人单位通常不能要求员工退回已支付的工资。然而，如果员工因学历问题获得了不当利益（如高于其实际能力的薪资），且该利益与劳动合同无效或部分无效有直接关联，用人单位可能有权要求员工退回部分或全部工资。
二、不当得利与工资退回
不当得利：
- 不当得利是指一方在没有合法依据的情况下获得利益，而另一方因此遭受损失。在劳动合同关系中，如果员工因学历问题获得了不应得的薪资，且该薪资与劳动合同无效或部分无效有直接关联，那么员工可能构成不当得利。
工资退回：
- 在不当得利的情况下，用人单位有权要求员工退回不当获得的利益。但这一要求通常需要通过法律途径实现，如提起民事诉讼或申请劳动仲裁。
- 需要注意的是，即使员工构成不当得利，用人单位也不能直接扣减员工的工资或采取其他非法手段进行追偿。用人单位应当通过合法途径，如协商、调解、仲裁或诉讼等方式来维护自己的权益。
三、实际操作建议
审查劳动合同：
- 用人单位应当仔细审查劳动合同的条款，特别是关于学历、薪资等关键要素的约定。如果发现员工通过违规手段获得学历并以此订立劳动合同，用人单位应当及时与员工沟通，并考虑是否需要解除或变更劳动合同。
协商与调解：
- 在发现员工可能构成不当得利的情况下，用人单位应当首先尝试与员工进行协商或调解，以达成双方都能接受的解决方案。这有助于维护双方的劳动关系，并避免不必要的法律纠纷。
法律途径：
- 如果协商或调解无果，用人单位可以通过法律途径来维护自己的权益。这包括提起民事诉讼或申请劳动仲裁等。在诉讼或仲裁过程中，用人单位需要提供充分的证据来证明员工构成不当得利，并要求员工退回不当获得的利益。
总结：员工因违规获得的学历被收回，但其实际提供了劳动，一般情况下工资不需要退回。但若因学历问题导致劳动合同无效或部分无效，且员工因此获得了不当利益，用人单位可能有权要求员工退回部分或全部工资。在实际操作中，用人单位应当仔细审查劳动合同条款，尝试与员工进行协商或调解，并在必要时通过法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。