综合工时制员工的辞退，需严格遵循《劳动合同法》等相关法律法规，确保程序合法、理由充分，否则可能面临违法解除的风险。以下从不同角度详细分析：

一、合法辞退的情形及程序

1. 员工存在过错性辞退情形

   • 情形：若员工存在严重违反用人单位规章制度、严重失职造成重大损害、被依法追究刑事责任等《劳动合同法》第三十九条规定的情形，用人单位可立即解除劳动合同，无需支付经济补偿。
   • 程序：
     • 收集并固定员工过错的证据，如监控录像、书面记录、员工签字确认的违纪通知等。
     • 通知工会（如有），并听取工会意见（非必须程序，但建议履行）。
     • 向员工送达解除劳动合同通知书，明确解除理由及依据。

2. 非过错性辞退（经济性裁员或员工不能胜任工作等）

   • 情形：若因经营困难需经济性裁员，或员工不能胜任工作经培训或调岗后仍不能胜任等，用人单位可提前三十日以书面形式通知员工或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿。
   • 程序：
     • 经济性裁员：需提前向工会或全体职工说明情况，听取意见，并向劳动行政部门报告裁员方案。
     • 不能胜任工作：需证明员工不能胜任工作（如绩效考核不合格），并经过培训或调岗后仍不能胜任。
     • 支付经济补偿：按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。

二、综合工时制下的特殊考虑

1. 工时制度不影响辞退的合法性：综合工时制只是一种工时计算方式，不影响用人单位因员工过错或非过错性原因辞退员工的合法性。但需注意，辞退理由需与工时制度无关，否则可能因理由不充分而被认定为违法解除。
2. 加班工资支付问题：若辞退前员工存在加班情况，用人单位需确保已按综合工时制的规定支付加班工资。否则，员工可能以未支付加班工资为由主张违法解除或要求额外赔偿。

三、违法辞退的后果

若用人单位违法解除劳动合同，员工有权要求继续履行劳动合同或要求用人单位支付赔偿金（标准为经济补偿的两倍）。因此，用人单位在辞退综合工时制员工时，务必确保程序合法、理由充分。

建议：在辞退综合工时制员工前，用人单位应仔细审查辞退理由及程序，确保符合法律法规的规定。如有疑问，可直接向我咨询。