关于年度绩效奖金分2笔发放是否合法的问题，这主要取决于发放的具体情况和相关政策规定。以下是一些详细的分析和解答：
首先，从法律层面来看，年度绩效奖金的发放方式并没有严格的法律规定必须一次性发放。企业或单位有权根据自身的经营状况、财务状况以及绩效考核制度，自主决定绩效奖金的发放方式和时间。因此，如果单位出于合理的原因，如资金安排、绩效考核流程等，选择将年度绩效奖金分2笔发放，这并不违反法律法规。
其次，从税务角度来看，分次发放的绩效奖金在计税上也有相应的规定。如果多笔“年终奖”在同一个月发放，可以合并计税；如果多笔“年终奖”在不同月份发放，则不可以合并计税，只能选择其中一次作为全年一次性奖金单独计税，其余部分需分别并入当月工资薪金进行计税。这一规定确保了税务处理的公平性和合理性。
再者，以凭祥市农业农村局为例，该单位就制定了绩效奖金二次分配方案，明确了绩效奖金的分配原则、实施范围、具体分配标准等。这一方案体现了单位根据自身实际情况，对绩效奖金进行合理分配和管理的自主权。虽然该方案并未直接说明年度绩效奖金可以分2笔发放，但它为绩效奖金的分配提供了灵活性和可操作性，暗示了单位可以根据需要调整发放方式。
总结来看：
因此，如果您的单位选择将年度绩效奖金分2笔发放，并且这一做法符合单位的绩效考核制度和相关规定，同时也在税务处理上遵循了相关法规，那么这种做法是合法的。如果您对具体的发放方式或税务处理有疑问，建议咨询单位的人力资源部门或财务部门，以获取更详细和准确的信息。