工程停工时，施工单位需按以下程序履行相关手续，核心程序包括：及时通知、提交书面报告、配合调查、采取保护措施、办理复工手续。具体分析如下：

1. 及时通知建设单位及监理单位
   施工单位发现需停工的情形（如不可抗力、设计变更、资金问题等）时，应立即口头通知建设单位及监理单位，说明停工原因、预计停工时间及影响范围，并同步启动书面程序。
   法律依据：根据《建设工程质量管理条例》第二十八条，施工单位需按设计文件施工，若因客观原因需变更或停工，应及时报告。

2. 提交书面停工报告
   口头通知后24小时内，施工单位需向建设单位、监理单位提交书面《停工报告》，内容应包括：

   • 停工原因（如地质条件变化、设计缺陷、建设单位资金未到位等）；
     
   • 停工时间（起止日期）；
     
   • 已完工程量及现场状况（如材料、设备、人员安排）；
     
   • 后续处理建议（如复工条件、需协调事项）。
     注意：若因建设单位违约（如未支付工程款）导致停工，需在报告中明确责任方，并保留证据（如催款函、合同条款）。

3. 配合建设单位及监理单位调查
   停工期间，施工单位需配合建设单位、监理单位对停工原因进行调查，提供相关材料（如施工日志、检测报告、往来函件）。若停工涉及第三方责任（如设计单位错误），需协助建设单位向第三方追责。

4. 采取现场保护措施
   施工单位需对已完工程及现场材料、设备采取保护措施，防止因停工导致质量或安全问题。例如：

   • 对已浇筑混凝土覆盖养护；
     
   • 对易受潮材料（如水泥、钢材）转移至干燥场所；
     
   • 切断临时用电、水源，设置警示标志。
     法律依据：根据《建设工程安全生产管理条例》第二十八条，施工单位需对因施工可能损害的毗邻建筑物、构筑物和地下管线等采取专项防护措施。

5. 办理复工手续
   停工原因消除后，施工单位需向建设单位、监理单位提交书面《复工申请》，并附复工条件证明（如设计变更文件、资金到位证明、整改完成报告）。经建设单位、监理单位验收合格后，方可复工。
   注意：若停工超过合同约定期限（如30天），需重新签订补充协议，明确工期顺延及费用补偿条款。

特殊情形处理：

• 不可抗力停工（如地震、洪水）：施工单位需在停工后10日内向建设单位提交不可抗力证明（如政府公告、气象报告），并协商工期顺延及费用分担。
  
• 建设单位违约停工：施工单位可依据《民法典》第八百零三条，要求建设单位承担停工损失（如人员窝工费、设备闲置费），并保留解除合同的权利。
  

风险提示：

• 未经建设单位、监理单位同意擅自停工，施工单位可能承担违约责任（如赔偿工期延误损失）；
  
• 停工期间未采取保护措施导致工程质量问题，施工单位需承担修复费用及赔偿责任。
  

如有具体停工情形或合同条款争议，可进一步向我咨询，我会结合合同文本及实际证据为您分析风险点及应对策略。