在非法捕捞行政案件调查期间再次违法的，将面临从重处罚，具体处理方式如下：
证据固定与合并处理
行政机关在调查期间发现当事人存在新的违法行为时，会立即固定相关证据（如现场照片、渔获物称重记录、证人证言等），并将新违法行为与原案件合并处理。根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚；但若存在多个独立违法行为（如不同时间、地点的非法捕捞行为），则可分别处罚并合并执行。
从重处罚的法律依据
根据《渔业行政处罚规定》及地方性法规（如《长江流域重点水域禁用渔具名录》配套规定），若当事人在行政机关调查期间仍实施违法行为，属于“情节严重”或“主观恶意明显”的情形，行政机关可依法从重处罚。例如，原可能处以罚款的，现可并处没收渔具、吊销捕捞许可证，甚至移送公安机关追究刑事责任。
程序衔接与听证权利
行政机关需依法履行告知程序，向当事人出具《行政处罚事先告知书》，明确新违法事实、处罚依据及拟处罚内容。当事人有权在规定期限内提出陈述、申辩或要求听证。若当事人未提出异议，行政机关将作出最终处罚决定；若提出异议，行政机关需复核并书面答复。
刑事责任风险升级
若新违法行为涉嫌构成犯罪（如使用禁用渔具在禁渔区非法捕捞水产品超过一定数量），行政机关将依据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，在24小时内将案件移送公安机关立案侦查。此时，当事人可能面临《刑法》第三百四十条规定的“非法捕捞水产品罪”，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或罚金。
建议：若您或他人涉及此类情况，请立即停止违法行为，主动配合行政机关调查，并保留相关证据（如购买合法渔具的凭证、禁渔期通知等）以备申辩。如有疑问，可直接向我咨询具体案件处理流程及风险防范措施。