发现非法捕捞行为，应立即采取以下措施进行处理：

1. 现场制止与证据固定

   • 制止行为：若在巡查中当场发现非法捕捞，应立即制止违法行为，防止损害扩大。例如，要求当事人停止捕捞作业、收缴非法捕捞工具（如电鱼设备、禁用网具等）。
     
   • 固定证据：通过拍照、录像、记录现场情况（如时间、地点、捕捞工具、渔获物种类及数量）等方式留存证据。若条件允许，可要求当事人签字确认或寻找目击证人，确保证据链完整。

2. 区分违法性质与处理方式

   • 行政违法：若非法捕捞未达到刑事立案标准（如使用禁用工具、方法捕捞但渔获物较少），应依据《渔业法》第三十八条，由县级以上渔业主管部门责令停止违法行为，没收渔获物和违法所得，并处五万元以下罚款；情节严重的，没收渔具，吊销捕捞许可证。
     
   • 刑事犯罪：若符合《刑法》第三百四十条“非法捕捞水产品罪”构成要件（如在禁渔区、禁渔期或使用禁用工具、方法捕捞，情节严重），需立即向公安机关报案，由其立案侦查。根据司法解释，“情节严重”包括：非法捕捞水产品500公斤以上或价值1万元以上、在禁渔区或禁渔期使用禁用工具或方法捕捞、曾因非法捕捞受过行政或刑事处罚等。

3. 移送与协作机制

   • 行政移送刑事：若发现行为可能构成犯罪，应依据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，在24小时内将案件移送公安机关，并附证据材料。
     
   • 部门协作：与农业农村、公安、市场监管等部门建立联合执法机制，共享线索信息。例如，市场监管部门发现销售非法捕捞渔获物的，可追溯至捕捞环节，形成全链条打击。

4. 后续监督与生态修复

   • 督促整改：对行政处罚案件，定期复查当事人是否停止违法行为，防止反弹。
     
   • 生态补偿：依据《民法典》第一千二百三十二条，要求当事人承担生态修复责任（如放流鱼苗、修复水域环境），或通过环境公益诉讼追究其民事赔偿责任。

注意事项：

• 巡查人员需具备执法资格（如渔业行政执法证），否则应联系有权限的部门处理。
  
• 处理过程中注意程序合法性，避免因证据收集瑕疵或程序错误导致行政行为被撤销。
  
• 若涉及跨区域非法捕捞，需及时通报相关地区执法部门，协同查处。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。