单位在保险公司赔偿员工后，能否主张保险合同无效需分情况讨论，具体如下：

1. 若单位主张保险合同无效的理由与员工获得赔偿无直接关联
   例如，单位发现保险合同存在《保险法》规定的无效情形（如投保时未履行如实告知义务、保险标的违法、保险合同内容违反法律强制性规定等），且该无效事由在保险公司赔偿员工前已存在，则单位仍可主张合同无效。但需注意：

   • 若保险公司已基于有效合同完成赔偿，单位主张无效可能面临保险公司抗辩（如保险公司主张单位怠于行使权利、或合同无效事由不成立）；
     
   • 若法院最终认定合同无效，保险公司可能要求员工返还赔偿款（若赔偿款基于无效合同取得），但单位需承担举证责任，证明合同无效事由的存在及与赔偿的因果关系。

2. 若单位主张保险合同无效的理由与员工获得赔偿存在直接关联
   例如，单位以“员工欺诈投保”（如虚构工作性质、健康状况等）为由主张合同无效，但保险公司已赔偿员工：

   • 若单位能证明员工欺诈行为直接影响保险合同效力（如保险公司因欺诈而误签合同），且该欺诈行为在赔偿前已存在，单位可主张合同无效；
     
   • 但若保险公司赔偿时已明知或应知欺诈事实（如保险公司未尽审核义务），单位主张无效可能被法院驳回（因保险公司可能被认定为“自愿赔偿”）；
     
   • 此外，若员工获得赔偿后，单位才发现欺诈行为，单位仍可主张无效，但需承担更重的举证责任（如证明欺诈行为与赔偿的直接因果关系）。

3. 实务建议

   • 单位若主张保险合同无效，应尽快收集证据（如投保文件、员工欺诈证据、保险合同条款等），并在知道或应当知道无效事由之日起1年内行使撤销权（若适用《民法典》第152条）；
     
   • 若保险公司已赔偿员工，单位主张无效时需考虑赔偿款的返还问题（可能涉及与员工、保险公司的三方协商或诉讼）；
     
   • 建议单位在主张无效前，先评估证据充分性及法律风险，避免因主张无效而引发额外纠纷（如员工索赔、保险公司追偿等）。

总结：单位能否主张保险合同无效，需结合无效事由的性质、与赔偿的关联性、证据充分性等因素综合判断。若您有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实务经验为您详细分析。