结论前置：上游公司虚开导致下游公司亏损，下游公司确实可以采取法律手段进行申诉或维权，但具体途径和效果需根据实际情况和法律规定来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 刑事责任角度：

   • 如果上游公司虚开增值税专用发票或其他可以用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，且数额较大或情节严重，那么上游公司可能构成虚开增值税专用发票罪或虚开发票罪。
   • 在此情况下，下游公司作为受害者，虽然不直接承担刑事责任，但可以向公安机关报案，要求追究上游公司的刑事责任。这有助于揭露上游公司的违法行为，并可能为下游公司后续的民事赔偿提供有力支持。

2. 民事赔偿角度：

   • 下游公司因上游公司虚开行为导致亏损，可以依据《民法典》中关于侵权责任的规定，向上游公司提起民事诉讼，要求赔偿损失。
   • 在诉讼过程中，下游公司需要提供充分的证据证明上游公司的虚开行为与其亏损之间存在因果关系，以及亏损的具体数额。这可能包括合同、发票、交易记录、财务报表等证据。
   • 如果法院认定上游公司确实存在过错，并导致了下游公司的亏损，那么上游公司可能需要承担相应的赔偿责任。

3. 行政处罚角度：

   • 除了刑事和民事责任外，上游公司的虚开行为还可能受到税务机关的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
   • 下游公司虽然不直接参与行政处罚程序，但可以向税务机关举报上游公司的违法行为，要求税务机关进行调查并依法处理。这有助于维护市场秩序和公平竞争环境。

4. 实际操作建议：

   • 收集证据：下游公司应尽快收集与上游公司交易相关的所有证据，包括合同、发票、付款记录、沟通记录等，以证明上游公司的虚开行为和下游公司的亏损情况。
   • 咨询律师：在采取任何法律行动之前，下游公司应咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的结果，以便制定合适的维权策略。
   • 多途径维权：根据实际情况和法律规定，下游公司可以考虑同时采取刑事报案、民事诉讼和行政举报等多种途径来维护自己的权益。

进一步思考：在处理此类问题时，下游公司还需要考虑与上游公司的合作关系以及未来可能继续合作的可能性。如果双方关系紧张或无法继续合作，那么下游公司可能需要更加积极地采取法律手段来维护自己的权益。同时，下游公司也应加强内部管理，完善合同审查和风险控制机制，以避免类似问题的再次发生。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。