面对公司被员工起诉拖欠工资，但并非恶意欠薪的情况，公司应当采取一系列系统而全面的措施来应对，以维护自身合法权益并妥善解决纠纷。以下是我为您详细梳理的应对步骤和建议：

一、明确法律地位与责任，及时咨询专业律师

首先，公司应明确自身在法律上的地位和责任，认识到被起诉拖欠工资可能带来的法律后果。建议尽快咨询专业律师，获取准确的法律建议和专业的法律帮助，确保在整个应对过程中不违反法律规定，最大程度维护公司权益。

二、详细了解案件情况与法律依据

1. 接收并研读法律文书：公司应仔细阅读法院送达的起诉状副本、传票等法律文书，了解员工的具体诉求、主张的拖欠工资事实、金额及工作时间等关键信息。
2. 核实内部记录：公司应梳理工资发放记录、考勤记录、劳动合同等内部文件，核实是否存在拖欠工资情况，以及涉及的具体数额和时间段。如有疑问，及时与公司财务、人事部门沟通核实，确保信息的准确性。

三、积极沟通与协商，寻求和解

1. 主动联系员工：公司应尝试与起诉的员工取得联系，表达解决问题的诚意，并询问其具体诉求和期望的解决方案。通过沟通缓和双方矛盾，为和解创造有利条件。
2. 探讨和解方案：根据核实的情况，公司可以提出合理的解决方案，如分期支付、确定具体支付日期等。若认为员工诉求不合理，则应以事实和证据为依据进行耐心解释，争取双方都能接受的方案。若公司确实存在支付困难，也可以与员工协商赔偿事宜，达成一致后员工可能会撤诉。

四、准备答辩与证据，应对诉讼

1. 撰写答辩状：若协商未果，公司需在规定时间内向法院提交答辩状。答辩状应清晰阐述公司对拖欠工资指控的观点和理由，并提供相应的法律依据。
2. 全面收集证据：公司应围绕答辩观点，收集和整理相关证据，包括但不限于工资支付凭证（银行转账记录、工资条）、考勤记录、劳动合同、与员工沟通的聊天记录或邮件、公司财务状况证明等。这些证据将有力支持公司的答辩主张。

五、严格遵守诉讼程序，维护庭审秩序

1. 准时出庭：公司应按照传票上注明的开庭时间和地点准时参加庭审。如有特殊情况无法到庭，务必提前向法院说明并申请延期。
2. 庭审表现：在庭审中，公司代表应冷静、清晰地陈述答辩观点，有序出示证据并进行合理解释。回答法官和对方当事人提问时，要实事求是，避免虚假陈述。在辩论环节紧扣案件事实和法律规定进行合理反驳。

六、执行判决与后续行动，妥善处理纠纷

1. 履行判决义务：若法院判决公司需要支付拖欠工资，公司应在规定时间内履行判决义务，按时足额支付工资。否则，员工有权申请强制执行，可能导致更多不利后果。
2. 考虑上诉：如公司认为判决存在错误或不合理之处，可在规定的上诉期限内向上一级法院提起上诉。上诉状需说明上诉的理由和依据，并准备好相关证据材料。
3. 总结经验教训：无论判决结果如何，公司都应总结经验教训，加强内部管理，确保类似纠纷不再发生。例如，可以完善工资发放制度、加强与员工的沟通等。

综上所述，面对员工因拖欠工资提起的诉讼，公司应充分了解案件情况与法律依据，积极沟通与协商，准备充分的答辩与证据，严格遵守诉讼程序，并根据判决结果采取相应的行动。通过合理合法的手段解决纠纷，维护公司的声誉和正常运营。