物流公司小型车辆出险后，保险不理赔的部分原则上应由物流公司自行承担，但具体承担主体需根据事故责任、合同约定及法律规定综合判断。以下分情况详细说明：

1. 保险合同免责条款范围内的损失

若保险不理赔的部分属于保险合同明确约定的免责范围（如故意行为、酒驾、无证驾驶、车辆未年检等），则该部分损失由物流公司自行承担。
法律依据：

• 《保险法》第十七条：保险人对免责条款需尽到提示和明确说明义务，否则条款不生效。
  
• 若保险公司已履行提示义务（如加粗字体、单独说明），且物流公司无法证明保险公司未说明，则免责条款有效，损失由物流公司承担。

2. 超出保险限额的部分

若保险理赔金额未覆盖全部损失（如车辆维修费、第三者赔偿金等），超出保险限额的部分由物流公司承担。
示例：

• 车辆损失险保额为10万元，实际维修费为12万元，则超出2万元由物流公司承担。
  
• 第三者责任险保额为50万元，实际赔偿第三者60万元，则超出10万元由物流公司承担。

3. 物流公司员工过错导致的损失

若事故由物流公司员工（如驾驶员）的故意或重大过失导致，且保险不理赔，则物流公司需先对外承担赔偿责任，再根据内部规定向员工追偿。
法律依据：

• 《民法典》第一千一百九十一条：用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任；用人单位承担侵权责任后，可向有故意或重大过失的工作人员追偿。
  
• 示例：驾驶员疲劳驾驶导致事故，保险公司拒赔，物流公司需先赔偿第三者，再向驾驶员追偿。

4. 合同相对方（如托运人）无过错时的责任

若物流公司与托运人签订运输合同，且事故非托运人原因导致，则保险不理赔的部分原则上仍由物流公司承担（因物流公司对货物安全负有合同义务）。
例外：若合同明确约定“保险不足部分由托运人承担”，且托运人同意，则可按合同约定处理。
法律依据：

• 《民法典》第八百三十二条：承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任，但承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担赔偿责任。

5. 第三方侵权导致的损失

若事故由第三方（如其他车辆、行人）侵权导致，且保险不理赔，则物流公司可向第三方追偿。
示例：

• 第三方违规变道导致物流车辆碰撞，保险公司以“无责不赔”拒赔，物流公司可要求第三方赔偿实际损失。
  
• 法律依据：
  
  • 《民法典》第一千二百零八条：机动车发生交通事故造成损害的，依照道路交通安全法律和本法的有关规定承担赔偿责任。

总结建议

1. 核查保险合同：确认不理赔部分是否属于免责范围或超出限额。
   
2. 固定证据：收集事故认定书、维修发票、赔偿协议等证据，明确损失金额。
   
3. 区分责任主体：根据事故原因（如员工过错、第三方侵权）确定最终承担方。
   
4. 协商或诉讼：与保险公司、员工或第三方协商，协商不成可依法起诉。
   

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据和法律条款为您详细分析。