结论前置：关于保密工资在合同里写了能否扣除的问题，需分情况讨论。在符合法律规定、合理设定且不损害劳动者合法权益的前提下，保密工资作为工资的一部分，用人单位一般不能随意扣除；但若存在特定情形，如劳动者违反保密义务给用人单位造成损失，用人单位可能依法要求赔偿，但这与直接扣除保密工资是不同的法律关系。
详细分析：
保密工资的性质：
- 保密工资通常是用人单位为了激励劳动者保守商业秘密或敏感信息而支付的一部分工资。它属于工资总额的一部分，受《劳动法》和《劳动合同法》等法律法规的保护。
合法扣除工资的情形：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位在特定情况下可以扣除劳动者的工资，如劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但这种扣除通常有限额，且需确保劳动者的基本生活不受影响。
- 然而，这并不意味着用人单位可以随意扣除保密工资。保密工资作为工资的一部分，其扣除需遵循严格的法律程序和条件。除非劳动者违反了保密义务，且给用人单位造成了实际损失，用人单位才能依法要求赔偿，但这通常是通过法律途径（如诉讼或仲裁）来解决的，而不是直接扣除工资。
保密工资与保密义务的关系：
- 保密工资的支付往往与劳动者承担的保密义务相关联。但保密义务是劳动者的法定义务，不因是否支付保密工资而改变。即，即使没有支付保密工资，劳动者也需保守用人单位的商业秘密和敏感信息。
- 如果用人单位在合同中约定了保密工资，并明确规定了保密义务和违约责任，那么劳动者在违反保密义务时，可能需承担违约责任，但这并不等同于用人单位可以直接扣除保密工资。
用人单位的合法管理权：
- 用人单位有权自主管理其薪酬体系和经营信息，包括设定保密工资和保密条款。但这种管理权需在法律框架内行使，不能损害劳动者的合法权益。
- 如果用人单位试图通过保密工资条款来限制劳动者的合法权益（如限制劳动者离职后的就业选择），那么该条款可能因违法而无效。
法律建议：
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读保密工资条款，了解自己的权利和义务。如果认为条款不合理或存在违法情形，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
- 对于用人单位：在设定保密工资条款时，应确保条款的合法性和合理性，明确保密义务的范围、期限和违约责任等具体内容。同时，应遵守相关法律法规，不得随意扣除劳动者的工资或侵犯劳动者的合法权益。
可能法律后果：
- 如果用人单位违反法律规定或合同约定随意扣除保密工资，劳动者有权向劳动争议仲裁机构或人民法院提起诉讼或仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
- 如果劳动者违反保密义务给用人单位造成损失，用人单位有权依法要求赔偿，但这需通过法律途径来解决，而不是直接扣除工资。
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