结论：工资里包含保密费是否合法，需根据用人单位与劳动者的具体约定及实际情况来判断。若双方有明确且合法的约定，保密费可单独支付或包含在工资中；若无明确约定或约定不合法，则可能面临法律风险。

详细分析：

1. 法律未强制支付保密费：

   • 根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项。但法律并未明确规定用人单位必须向劳动者支付保密费，即支付保密费并非用人单位的法定义务。

2. 保密费包含在工资中的合法性：

   • 合同约定明确：若用人单位与劳动者在劳动合同或保密协议中明确约定将保密费包含在工资中，并且该约定合理、合法，同时工资总额能够体现包含保密费的构成，且用人单位已向劳动者明确告知，则此做法合法有效。例如，劳动合同中清晰写明员工工资由基本工资、岗位工资和保密费组成，并在工资条上明确列示各项明细，员工签字确认且未提出异议，此时保密费算在工资中是合法的。
   • 行业惯例：在某些特定行业中，如高科技研发企业，将保密费纳入工资已成为一种普遍做法。这些行业往往涉及大量商业秘密，为了简化支付和管理流程，企业通常会将保密费作为工资的一部分发放。但即便如此，也需确保有明确的合同约定，并履行告知义务。

3. 未明确约定或未告知的风险：

   • 若用人单位未与劳动者在合同中明确约定保密费的相关事宜，或虽约定但未明确告知工资中包含保密费，只是单方面将保密费混入工资发放，这可能侵犯了劳动者的知情权。在此情况下，一旦发生劳动争议，劳动者可能不认可工资中包含保密费，用人单位也难以证明已就保密费事项与劳动者达成一致意见，从而可能面临不利的法律后果。

4. 保密费的单独支付：

   • 如果用人单位与劳动者有明确的约定，保密费是单独支付的，并且该费用合理、合法，那么保密费就不应包含在工资中。单独支付的保密费应确保有明确的支付依据和合理的支付标准，以避免可能的法律纠纷。例如，某企业与掌握核心技术的员工签订保密协议时，可能会约定除正常工资外，还需另行支付一定金额的保密费。

法律建议：

• 明确约定：为确保双方的权益，建议在劳动合同或保密协议中明确约定保密费的相关事宜，包括支付方式、支付标准、支付时间等，并确保该约定符合相关法律法规的规定。
• 履行告知义务：用人单位应确保劳动者知晓自己工资的具体构成和各项费用的发放依据，避免因信息不对称而引发的纠纷。
• 关注地区性法规：由于不同地区可能存在不同的法律规定或政策要求，因此在实际操作中需要关注并遵守当地的相关法律法规和政策规定。

可能后果：

• 若用人单位未与劳动者明确约定保密费事宜或未履行告知义务，可能面临劳动争议和法律纠纷，甚至可能因侵犯劳动者权益而承担法律责任。
• 若用人单位与劳动者的约定违反法律法规的强制性规定，该约定可能被认定为无效，用人单位仍需承担相应的法律责任。

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