结论：保密费是否包含在基本工资中，并非由法律直接规定，而是取决于用人单位与劳动者之间的具体约定以及实际情况。若双方有明确且合法的约定，保密费可以包含在基本工资中；若无明确约定或约定不合法，则可能面临法律风险。
详细分析：
法律未强制规定保密费支付方式：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项，但法律并未明确规定保密费必须单独支付或必须包含在基本工资中。
- 这意味着，保密费的支付方式主要由双方协商确定，法律并未设定具体的支付模式。
保密费包含在基本工资中的合法性：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或保密协议中明确约定将保密费包含在基本工资中，并且该约定合理、合法，同时工资总额能够体现包含保密费的构成，且用人单位已向劳动者明确告知，则此做法合法有效。
- 举例：劳动合同中清晰写明员工工资由基本工资（其中包含保密费）、岗位工资等组成，并在工资条上明确列示各项明细，员工签字确认且未提出异议，此时保密费包含在基本工资中是合法的。
未明确约定或未告知的风险：
- 若用人单位未与劳动者在合同中明确约定保密费的相关事宜，或虽约定但未明确告知工资中包含保密费，只是单方面将保密费混入基本工资发放，这可能侵犯了劳动者的知情权。
- 在此情况下，一旦发生劳动争议，劳动者可能不认可工资中包含保密费，用人单位也难以证明已就保密费事项与劳动者达成一致意见，从而可能面临不利的法律后果，如需补发保密费或承担其他法律责任。
保密费的单独支付：
- 如果用人单位与劳动者有明确的约定，保密费是单独支付的，并且该费用合理、合法，那么保密费就不应包含在基本工资中。
- 单独支付的保密费应确保有明确的支付依据和合理的支付标准，以避免可能的法律纠纷。例如，可以根据劳动者接触商业秘密的程度、保密期限等因素来确定保密费的金额。
建议与实践指导：
- 明确约定：为避免不必要的争议和纠纷，建议用人单位与劳动者在签订劳动合同时，明确约定保密费的支付方式、支付标准以及其与基本工资的关系。这可以通过在劳动合同中增加保密条款或单独签订保密协议来实现。
- 合规操作：双方约定的内容应符合相关法律法规的规定，确保约定的合法性和有效性。例如，保密费的金额应合理，不能过高以至于影响员工的基本工资水平或构成对员工的不公平待遇。
- 证据留存：用人单位应妥善保存劳动合同、保密协议、工资支付记录等相关证据，以便在发生争议时能够提供有力的证明。这些证据可以包括工资条、银行转账记录、劳动者签字确认的文件等。
综上所述，保密费是否包含在基本工资中，关键在于用人单位与劳动者之间的具体约定及实际情况。为确保双方的权益，建议在劳动合同或保密协议中明确约定保密费的相关事宜，并确保该约定符合相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。