结论前置：乙方是否需要开票需分情况讨论，具体如下：

1. 若甲方代付工资属于工程款支付方式的一种，且该部分款项被明确纳入工程款结算范围
   根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及《企业所得税法》相关规定，乙方作为工程承包方，在收到甲方支付的工程款（包括以代付工资形式支付的款项）时，有义务向甲方开具合法有效的增值税发票。

   • 法律依据：
     
     • 《增值税暂行条例》第六条明确，销售额为纳税人销售货物或应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。代付工资若被认定为工程款的一部分，属于价外费用范畴，需计入销售额并开具发票。
       
     • 《企业所得税法》第八条要求，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出（如工程成本），需取得合法有效凭证（如发票）方可在税前扣除。若乙方未开票，可能导致甲方无法正常抵扣成本，引发税务风险。
       
   • 实务建议：
     双方应在合同中明确约定“代付工资视为工程款支付方式之一”，并约定开票时间、税率等细节，避免后续争议。

2. 若甲方代付工资属于独立于工程款之外的劳务费用（如乙方临时雇佣甲方员工完成特定任务）
   此时需区分两种情形：

   • 若乙方与甲方员工形成劳务关系：
     根据《个人所得税法》及《发票管理办法》，乙方作为劳务接受方，无需直接向甲方开票，但需按“劳务报酬所得”代扣代缴员工个人所得税，并协助员工向税务机关申报纳税。
     
   • 若乙方与甲方形成委托代付关系（即乙方委托甲方代付其应付的员工工资）：
     乙方仍需就其与员工的劳务关系履行纳税义务（如代扣个税），但无需因甲方的代付行为向甲方开票。不过，若甲方要求乙方提供代付款项的收款凭证（如收据），乙方应配合出具。

关键风险提示：

• 若乙方未就工程款部分开票，可能面临税务机关的补税、罚款及滞纳金处罚（《税收征收管理法》第六十三条）。
  
• 若甲方未取得合法发票导致成本无法抵扣，可能通过诉讼要求乙方承担违约责任（如赔偿税款损失）。
  

建议操作：
双方应在合同中明确代付工资的性质（工程款或独立劳务费）、开票义务及税务处理方式，并保留付款凭证、合同等证据，以备税务稽查或纠纷解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规方案。