核心结论：开完工程发票后甲方代付工人工资，可能涉及税务、合同履行及法律责任等多方面问题，需根据具体情况采取相应措施。以下从不同角度进行分析：

1. 税务处理角度
   若工程发票已开具且包含工人工资部分，甲方代付工资可能被视为“甲供材”或“第三方支付”情形。此时需注意：

   • 发票合规性：确保发票内容与实际交易一致。若工资本应由乙方（施工方）支付，但由甲方代付，需在合同中明确约定或补充协议，避免被认定为虚开发票（如发票金额与实际支付不符）。
     
   • 税务申报：乙方需按实际收到的工程款（扣除甲方代付部分）申报收入，甲方代付的工资可能需作为乙方成本列支，但需保留完整凭证（如工资表、代付协议等）以备税务核查。
     
   • 风险提示：若未妥善处理，可能被税务机关认定为“少计收入”或“成本不实”，面临补税、罚款甚至刑事责任。

2. 合同履行角度

   • 合同约定优先：检查工程合同中是否明确约定工资支付方式（如由乙方支付或甲方可代付）。若有约定，按合同执行；若无约定，甲方代付可能构成违约或需乙方追认。
     
   • 权利义务转移：若甲方代付工资，需明确是否免除乙方支付工资的义务。建议签订书面协议，避免后续纠纷（如工人仍向乙方追讨工资）。
     
   • 工程款结算：甲方代付工资可能影响工程款结算金额。乙方需与甲方核对代付金额，并在最终结算时扣除，防止重复支付。

3. 法律责任角度

   • 工人权益保护：无论由谁支付工资，乙方作为用人单位仍需承担劳动法责任（如社保缴纳、工伤赔偿等）。若甲方代付导致工资支付纠纷，工人可能同时起诉甲乙双方。
     
   • 连带责任风险：若甲方代付行为被认定为“帮助逃避劳动法义务”（如未代扣个税），乙方可能需承担连带责任。
     
   • 建议措施：
     
     • 要求甲方提供代付工资的详细清单及凭证；
       
     • 与甲方、工人签订三方协议，明确各方权利义务；
       
     • 保留书面沟通记录（如邮件、微信），证明代付行为经乙方同意。

行动建议：

1. 立即审查工程合同及发票内容，评估税务和法律风险；
   
2. 与甲方协商补充协议，明确代付工资的税务处理及责任划分；
   
3. 咨询专业律师或税务师，制定合规方案（如调整发票金额、完善凭证链）；
   
4. 若已发生纠纷，收集证据（合同、发票、代付凭证等）准备应对诉讼或仲裁。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细解答。