自然资源局按比例开工资是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来判断。以下从几个角度进行分析：
工资支付的基本原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工资支付应当遵循按劳分配的原则，实行同工同酬。这意味着，工资的支付应当基于劳动者提供的劳动量和质量，而不是简单地按比例分配。
按比例开工资的合法性分析：
- 如果按比例是基于合理的绩效考核或工作量分配：例如，自然资源局根据员工的工作表现、工作量或业绩来按比例分配工资，且这种分配方式已经通过合法的程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等）确定，并符合相关法律法规的规定，那么这种按比例开工资的方式可能是合法的。
- 如果按比例缺乏合理依据或违反法律法规：如果自然资源局仅仅以某种不合理的标准（如性别、年龄、职位等非劳动因素）来按比例分配工资，或者这种分配方式违反了最低工资标准、同工同酬等法律法规的规定，那么这种按比例开工资的方式就是不合法的。
可能的法律后果：
- 如果自然资源局按比例开工资的方式不合法，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求单位纠正违法行为并支付应得的工资差额。在极端情况下，如果单位的违法行为严重损害了劳动者的权益，还可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
建议：
- 对于劳动者而言，如果认为自然资源局按比例开工资的方式不合法，应当首先了解相关的法律法规和单位的规章制度，收集相关证据（如工资条、工作记录等），然后与单位进行协商或向劳动监察部门投诉。如果协商或投诉无果，可以考虑提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。
- 对于自然资源局而言，应当确保工资支付方式的合法性和合理性，遵循相关法律法规的规定，建立公平、透明的工资分配制度，以维护劳动者的合法权益和单位的良好形象。
总结来说，自然资源局按比例开工资是否合法取决于具体的分配方式和是否符合相关法律法规的规定。如果劳动者对此有疑问或认为自己的权益受到了侵害，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。