基本工资比例不超过50%是否合法，需结合具体情况判断，但只要满足以下条件，即为合法：
法律法规层面：
- 我国现行的劳动法律法规并未明确限制基本工资在工资总额中的具体比例。用人单位在制定工资结构时，有权根据自身的经营状况、行业特点及管理需求，自主确定工资分配方式和结构，只要这种分配方式不违反法律法规的强制性规定。
- 需要注意的是，虽然基本工资比例未受严格限制，但基本工资本身不得低于当地最低工资标准。这是法律对基本工资的硬性要求，旨在保障劳动者的基本生活需求。
双方协商一致：
- 用人单位在招聘员工或签订劳动合同时，应明确告知工资构成中基本工资和绩效工资（或其他组成部分）的比例，并征得员工的同意。这种基于双方协商一致的约定具有法律效力，对双方均具约束力。
- 如果员工在入职时或劳动合同签订时，对基本工资比例未提出异议，且该比例不违反法律法规的强制性规定，那么该比例即为合法。
行业与岗位特点：
- 基本工资比例因行业、企业性质及岗位特点而异。例如，在某些销售行业或项目制行业，为了激励员工的工作积极性和业绩，可能更注重绩效工资或奖金的激励作用，因此基本工资比例可能相对较低。
- 而在一些传统行业或稳定型岗位中，为了保障员工的基本生活需求，基本工资比例可能相对较高。因此，基本工资比例是否合法，还需结合行业特点和岗位需求进行判断。
可能存在的问题与风险：
- 如果基本工资比例过低，导致员工实际收入低于当地最低工资标准，那么用人单位将面临法律风险。因为最低工资标准是法律对劳动者基本生活需求的保障，用人单位必须遵守。
- 另外，如果用人单位在制定工资结构时，未与员工进行充分协商或未明确告知工资构成比例，也可能引发劳动争议。因此，用人单位在制定工资结构时，应确保透明度和公正性。
建议与措施：
- 用人单位在制定工资结构时，应充分考虑法律法规的要求和员工的合法权益，确保基本工资比例合法且合理。
- 同时，用人单位应与员工进行充分协商，明确告知工资构成比例和绩效考核标准，确保双方对工资结构有清晰的认识和理解。
- 如果员工对基本工资比例有异议或认为其低于当地最低工资标准，用人单位应及时与员工沟通并协商解决。
总结：基本工资比例不超过50%在符合法律法规、双方协商一致且不低于当地最低工资标准的前提下是合法的。但用人单位在制定工资结构时，应充分考虑行业特点、岗位需求和员工的合法权益，确保工资结构的合理性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。