结论：辞职当月没有满勤，将双休抵扣正常工时是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若劳动合同或公司规章制度有明确规定，且该规定不违反法律法规强制性规定，则可能合法；若无相关规定或规定违法，则不合法。
一、劳动合同或公司规章制度有明确规定的情况
规定合法性前提：
- 劳动合同或公司规章制度中关于辞职当月工资计算、工时抵扣等条款，必须符合《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定。
- 例如，不得违反最低工资标准、加班工资支付、休息休假权利等基本规定。
双休抵扣正常工时的合法性：
- 若劳动合同或公司规章制度明确规定，在辞职当月未满勤的情况下，可以将双休日的工作时间抵扣正常工时，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则这种做法可能是合法的。
- 但需注意，双休日本身属于劳动者的休息日，除非劳动者同意或存在特殊情况（如紧急任务、突发事件等），否则用人单位不得随意安排劳动者在双休日工作。若将双休日工作时间抵扣正常工时，实际上可能涉及对劳动者休息权的限制，因此需谨慎处理。
二、劳动合同或公司规章制度无明确规定或规定违法的情况
无明确规定：
- 若劳动合同或公司规章制度中未对辞职当月工资计算、工时抵扣等事项作出明确规定，则用人单位不得单方面将双休日工作时间抵扣正常工时。
- 在这种情况下，用人单位应按照劳动者实际出勤天数和劳动合同约定的工资标准支付工资。
规定违法：
- 若劳动合同或公司规章制度中的相关规定违反了法律法规的强制性规定（如低于最低工资标准、未支付加班工资、侵犯休息休假权利等），则这些规定是无效的。
- 在这种情况下，用人单位不得依据这些违法规定将双休日工作时间抵扣正常工时，否则将面临法律责任。
三、法律建议
劳动者角度：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资计算、工时抵扣等事项的规定。
- 若发现用人单位存在违法规定或不当行为，应及时向用人单位提出异议，并保留相关证据以便维权。
- 若与用人单位无法协商解决争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
用人单位角度：
- 在制定劳动合同和公司规章制度时，应确保相关条款符合法律法规的强制性规定。
- 在处理辞职当月工资计算、工时抵扣等事项时，应遵循公平、合理、合法的原则，尊重劳动者的合法权益。
- 若与劳动者发生争议，应积极与劳动者协商解决，避免矛盾升级。
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