员工长期请病假，用人单位一般不能随意扣工资，但具体支付标准需根据法定医疗期、公司规定及劳动合同约定综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法定医疗期内的工资支付
医疗期定义：
- 企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。具体时长如实际工作年限十年以下的，本单位工作年限五年以下的为三个月，以此类推。
工资支付标准：
- 在规定的医疗期间内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则病假工资最低不得低于1600元。
- 具体支付标准可能因地区而异。如上海规定，职工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，根据连续工龄的不同，病假工资按本人工资的60%至100%计发。
二、超过法定医疗期的处理
劳动关系解除：
- 若员工超过法定医疗期仍不能从事原工作或用人单位另行安排的工作，用人单位可解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付一个月工资，并支付经济补偿。
工资支付：
- 在此情况下，若员工未提供劳动，用人单位无需按病假工资标准支付工资。但在解除劳动关系手续办理完毕前，双方劳动关系仍然存续，用人单位应按当地规定处理相关待遇，如可能支付一定的生活费或疾病救济费，具体需根据地方政策及公司规定来确定。
三、未履行请假手续的处理
- 如果员工生病但未按照公司规定的流程履行请假手续，公司可能会按照旷工处理。旷工期间，公司通常不支付工资。若旷工情况严重违反公司规章制度，公司还有权解除劳动合同。
四、公司规定与劳动合同的影响
- 除了法律规定外，公司规定和劳动合同中的相关条款也会影响病假期间的工资支付。因此，在处理此类问题时，还需仔细审查公司规定和劳动合同的具体内容。如果劳动合同中对病假期间工资发放有明确约定，且该约定不违法，那么应按合同约定来支付病假工资。
五、实际操作建议
了解公司规定：
- 员工在请假前应了解公司的病假政策和请假流程，确保按照规定履行请假手续。
保留相关证据：
- 员工应保留好与病假相关的医疗证明、请假条等证据，以备不时之需。
协商与沟通：
- 如果员工对病假工资的支付有异议，应与用人单位进行协商和沟通，寻求合理的解决方案。
法律途径：
- 如果协商无果，员工可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼等合法途径来维护自己的权益。
总结来说，员工长期请病假期间，用人单位在法定医疗期内应按规定支付病假工资；超过法定医疗期或未履行请假手续，则可能面临工资停发、劳动关系解除等后果。因此，建议用人单位和员工在签订劳动合同时，明确病假期间的工资支付标准及相关规定，以避免不必要的纠纷。同时，员工在生病请假时，也应遵守公司规定，及时履行请假手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。