在检察院决定不起诉的刑事案件中，公安机关对涉案非法所得的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 特定类型重大犯罪案件（如贪污贿赂、恐怖活动犯罪等）

   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》第三百条及《刑法》第六十四条，若犯罪嫌疑人逃匿且通缉一年后不能到案，或犯罪嫌疑人死亡，检察院可向法院提出没收违法所得申请。
   • 处理程序：
     1. 检察院制作检察意见书，详细说明违法所得事实、法律依据及没收请求，并移送法院审查。
     2. 法院受理后，需在7日内决定是否受理，并发出公告，公告期为六个月。
     3. 公告期内，犯罪嫌疑人、被告人的近亲属及其他利害关系人有权申请参加诉讼，提出异议。
     4. 公告期满后，法院组成合议庭审理，根据证据情况作出没收或驳回申请的裁定。
     5. 若裁定生效后犯罪嫌疑人或被告人归案并提出异议，法院应视情形处理，如重新审理或维持原裁定。
   • 公安机关角色：在检察院提出没收申请前，公安机关需配合检察院调查，提供证据、查询账户信息等，协助确定违法所得范围及数额。

2. 一般刑事案件（非特定类型重大犯罪）

   • 法律依据：根据《人民检察院刑事诉讼规则》第三百七十五条及第二百四十八条，检察院决定不起诉后，若需没收违法所得，应提出检察意见，移送有关主管机关（如公安机关、税务机关等）处理。
   • 处理程序：
     1. 检察院全面调查案件涉及的财产状况，确定违法所得情况。
     2. 检察院制作检察意见书，说明违法所得事实、法律依据及没收请求，并移送主管机关。
     3. 主管机关（如公安机关）根据法律规定，对违法所得进行核实、追缴和没收，并将处理结果反馈给检察院。
   • 公安机关角色：作为主管机关之一，公安机关负责执行没收程序，包括核实违法所得、采取查封、扣押、冻结等措施，并确保程序合法合规。

被不起诉人的责任：

• 即使检察院决定不起诉，被不起诉人若涉及违法所得，仍需承担配合调查、主动上缴违法所得的责任。
• 若拒不配合或隐瞒违法所得，可能会面临进一步的法律制裁，如被强制执行、罚款或承担其他法律责任。

举例说明：

• 假设某贪污案件中，检察院因证据不足决定不起诉，但查实犯罪嫌疑人通过贪污获取了非法所得。此时，检察院会向法院提出没收违法所得申请，法院将依法审理并作出裁定。
• 在另一起盗窃案件中，检察院决定不起诉后，发现犯罪嫌疑人通过盗窃获取了财物。此时，检察院会将案件移送公安机关处理，公安机关将依法追缴并没收违法所得。

总结与建议：

• 检察院决定不起诉的刑事案件中，涉案非法所得的处理需严格遵循相关法律法规，确保程序公正合法。
• 公安机关在特定类型重大犯罪案件中需配合检察院调查，并在一般案件中作为主管机关执行没收程序。
• 被不起诉人应积极配合调查，主动上缴违法所得，以避免进一步的法律制裁。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。