公安机关对检察院作出不起诉决定后，对扣押的被不起诉人违法所得，应当根据违法所得的性质和具体情况，依法予以返还、没收或上缴国库。具体处理方式如下：

1. 违法所得属于被不起诉人合法财产的，应当及时返还
   根据《刑事诉讼法》第177条及《公安机关办理刑事案件程序规定》第186条，若检察院作出不起诉决定，且违法所得实际为被不起诉人合法财产（如被错误扣押的财物），公安机关应在收到不起诉决定书后，立即解除扣押并返还。例如，被不起诉人因诬告被扣押的现金，若查实与案件无关，应全额返还。

2. 违法所得属于涉案财物且应追缴的，依法上缴国库
   若违法所得系被不起诉人通过违法犯罪行为取得（如盗窃、诈骗所得），根据《刑法》第64条，公安机关应将扣押财物移送检察院，由检察院提出处理意见，最终由法院裁定没收并上缴国库。若案件未进入审判阶段，公安机关可依据《公安机关办理行政案件程序规定》第219条，直接将财物上缴国库或拍卖后上缴。

3. 违法所得涉及第三人权益的，需区分处理

   • 若违法所得中包含第三人合法财产（如被害人财物），公安机关应优先返还被害人。例如，诈骗案件中，被不起诉人用赃款购买的车辆若登记在被害人名下，应直接返还。
     
   • 若第三人明知是违法所得仍接受（如洗钱行为），则该部分财物应依法追缴，上缴国库。

4. 特殊情形：附条件不起诉或存疑不起诉

   • 附条件不起诉（如未成年人案件）：若被不起诉人在考验期内未违反规定，公安机关应返还扣押财物；若违反规定，检察院可能撤销不起诉决定，财物将随案件进入审判程序处理。
     
   • 存疑不起诉（证据不足）：若后续发现新证据，案件可能重新启动，扣押财物暂不处理；若确认无罪，则立即返还。

实务建议：

• 公安机关应在收到不起诉决定书后3日内完成财物处理，并通知被不起诉人或被害人。
  
• 若对财物性质有争议（如是否为违法所得），可申请检察院复核或通过行政诉讼解决。
  
• 被不起诉人若认为财物被错误扣押，可向公安机关提出书面异议，或直接向法院提起行政诉讼。

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