结论：施工单位未认证工程量时，建设单位代签一般没有直接的法律依据，但在特定情况下可能存在合法性，具体需结合实际情况和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：

一、一般情况下的法律依据与合法性分析

在建设工程合同中，工程量的确认是双方履行合同义务、结算工程款的重要依据。通常情况下，工程量的确认应由施工单位和建设单位共同进行，或者按照合同约定的方式进行。如果施工单位未对工程量进行认证或确认，建设单位单方面代签，从一般法律原则和合同约定来看，这种行为缺乏直接的法律依据，可能构成对施工单位权利的侵犯。

二、特定情况下的合法性探讨

尽管一般情况下建设单位代签工程量缺乏法律依据，但在某些特定情况下，这种行为可能被视为合法或有效：

1. 合同有明确约定：如果建设工程合同中明确约定了，在施工单位未按时认证工程量时，建设单位有权代签或进行其他处理方式，那么建设单位代签的行为可能被视为合法。

2. 施工单位默认或追认：如果施工单位在建设单位代签后，未提出异议或以实际行动表示接受（如按照代签的工程量进行结算），那么这种代签行为可能被视为得到了施工单位的默认或追认，从而具有法律效力。

3. 紧急情况或特殊需要：在极少数情况下，如因施工单位失联、破产等无法履行认证义务时，为了保障工程进度和建设单位的合法权益，建设单位可能需要在法律允许的范围内采取代签等应急措施。但这种情况需要严格符合法律规定的条件和程序。

三、法律后果与风险提示

1. 如果建设单位代签行为缺乏法律依据：可能构成对施工单位权利的侵犯，施工单位有权要求建设单位撤销代签行为，并可能要求赔偿因此造成的损失。同时，这种行为也可能影响工程款的结算和支付，引发合同纠纷。

2. 如果建设单位代签行为被认定为合法或有效：那么双方应按照代签的工程量进行结算和支付。但建设单位在代签时仍应谨慎行事，确保代签的工程量真实、准确，并尽可能保留相关证据以证明代签的合法性和合理性。

四、建议与措施

1. 对于建设单位：在施工单位未认证工程量时，应首先尝试与施工单位进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果确实需要代签，应确保合同中有明确约定或得到施工单位的明确授权，并尽可能保留相关证据。

2. 对于施工单位：应加强对工程量的管理和认证工作，确保按时、准确地完成认证义务。如果因特殊原因无法按时认证，应及时与建设单位沟通并说明情况，避免因此引发不必要的纠纷。

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