结论：和政府签订合同约定金额为1000元，但财审后实际支付5000元，这一行为是否合法，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定与财审结果的关系
合同具有法律约束力：
- 合同是双方意思表示一致的产物，一旦签订，即具有法律约束力。合同中约定的金额，通常是双方协商一致的结果，应当得到遵守。
财审的作用与性质：
- 财审（财务审计）通常是对合同履行过程中的财务情况进行审查，以确保资金使用的合规性和合理性。财审结果并不直接改变合同约定的金额，除非合同中有明确约定财审结果可以作为调整合同金额的依据。
二、可能合法的情形
合同中有明确约定：
- 如果合同中明确约定了财审结果可以作为调整合同金额的依据，并且财审结果确实显示需要支付5000元，那么这一行为是合法的。因为双方已经在合同中对此进行了约定，财审结果只是履行合同的一个环节。
双方协商一致变更合同：
- 即使在合同中没有明确约定财审结果可以作为调整合同金额的依据，但如果双方在财审后协商一致，同意将合同金额变更为5000元，并签订了补充协议或变更协议，那么这一行为也是合法的。因为合同变更需要双方协商一致，并且符合法律规定的变更程序。
三、可能不合法的情形
合同中没有约定且未协商一致：
- 如果合同中没有明确约定财审结果可以作为调整合同金额的依据，且双方在财审后也未协商一致变更合同金额，那么政府单方面按照财审结果支付5000元的行为可能构成违约。因为政府违反了合同中约定的金额条款，没有按照约定履行合同义务。
财审过程存在违规或不当行为：
- 如果财审过程存在违规或不当行为，如审计人员与供应商存在利益关系、审计方法不当等，导致财审结果不准确或不公正，那么政府依据这样的财审结果支付5000元的行为也可能存在问题。这种情况下，可能需要通过法律途径来纠正财审结果或追究相关责任人的法律责任。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 首先，应当仔细审查合同条款，特别是关于合同金额、财审结果处理等方面的约定。如果合同中有明确约定，则按照约定执行；如果没有约定或约定不明确，则需要双方协商一致。
协商与沟通：
- 如果双方对财审结果或合同金额存在争议，应当及时进行协商与沟通。通过友好协商，寻求双方都能接受的解决方案，以避免不必要的法律纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果或争议无法解决，可以寻求法律帮助。请专业律师对合同条款、财审结果等进行法律分析，并提供法律意见或建议。必要时，可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结：和政府签订合同约定金额与财审后实际支付金额不一致是否合法，需结合合同条款、双方协商情况以及财审过程的合规性等因素来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。