结论：离职员工带走公司资金540元，公司不能直接从其工资中扣除，而应通过合法途径追回资金。

分析说明：

1. 工资扣除的合法性：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 关键点：此条款适用于因劳动者本人原因造成的经济损失，且扣除需遵循一定比例和最低工资标准。然而，本案例中员工带走公司资金的行为，更可能构成侵占或盗窃，而非简单的“因本人原因造成经济损失”。

2. 员工带走资金行为的性质：

   • 员工带走公司资金，若未经公司同意或授权，可能构成侵占公司财物或盗窃行为。这种行为不仅违反了公司规章制度，还可能触犯刑法，如构成盗窃罪。
   • 关键点：对于此类行为，公司应首先通过内部调查确认事实，然后考虑报警或采取其他法律手段追回资金，而非直接从员工工资中扣除。

3. 公司应采取的合法措施：

   • 内部调查：公司应首先进行内部调查，收集证据，确认员工带走资金的事实和金额。
   • 沟通协商：在确认事实后，公司可以尝试与员工沟通协商，要求其归还资金。
   • 法律途径：若员工拒绝归还，公司可以报警或向法院提起诉讼，要求员工返还资金并承担相应法律责任。

特殊场景：

• 若员工与公司之间有明确的书面协议，约定在员工离职时需归还某些财物或资金，且员工未履行该约定，公司可以依据协议要求员工归还。但即便如此，公司也应通过合法途径（如诉讼）来追回资金，而非直接从工资中扣除。

行动建议：

• 公司应尽快进行内部调查，收集证据，确认员工带走资金的事实。
• 与员工进行沟通协商，要求其归还资金。
• 若员工拒绝归还，公司应考虑报警或向法院提起诉讼，以维护自身合法权益。

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