公司一般情况下不可以扣留员工工资，否则将构成违法行为，但在特定情况下，公司可以依法进行工资的扣除或延迟支付。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律规定与基本原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 同时，《劳动法》第九十一条也明确规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，将面临劳动行政部门的责令支付、经济补偿以及可能的赔偿金。
基本原则：
- 公司应严格按照法律规定支付员工工资，任何无理由的拖扣行为都是违法的。
- 员工有权通过法律途径维护自己的合法权益，如与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。
二、特殊情况下的工资扣除
法定扣除：
- 公司可以依法代扣代缴员工个人所得税、应由员工个人负担的各项社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。这些扣除是基于法律法规的明确要求，不构成对员工工资的非法克扣。
员工违纪扣除：
- 如果员工因本人原因给用人单位造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。例如，若员工当月工资为5000元，因违纪给公司造成损失，公司最多只能扣除1000元作为赔偿，且扣除后员工剩余工资不得低于当地最低工资标准。
三、特殊情况下的工资延迟支付
不可抗力因素：
- 如自然灾害、战争等不可抗力导致公司生产经营受到严重影响，无法按时支付工资时，公司应及时向员工说明情况，并在不可抗力因素消除后尽快支付工资。
经营困难与协商一致：
- 当公司生产经营发生严重困难，资金周转受到影响时，经与本单位工会或者职工代表协商一致后，可以延期支付工资，但最长不得超过30日。
四、员工维权途径
与公司协商：
- 劳动者首先可尝试与公司相关负责人沟通，指出公司拖欠、克扣工资的行为违法，并要求其在合理期限内足额支付工资。协商过程中应注意保留相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察大队提交书面投诉材料，详细说明公司拖欠、克扣工资的具体情况。劳动监察部门会依法进行调查处理，并可能对公司进行处罚。
申请劳动仲裁：
- 若投诉未能解决问题，劳动者可在劳动争议发生之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决生效后，若公司仍不履行，劳动者可向法院申请强制执行。
总结：公司扣留员工工资是违法行为，除非在法定扣除、员工违纪扣除或特定情况下延迟支付的范围内。员工在面对公司扣留工资时，应依法维护自己的权益，通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来寻求解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。