结论：员工离职后年终部分薪酬是否需支付，不能仅依据协议约定不支付就一概而论，需结合具体情况判断，包括协议的合法性、公司规章制度、员工离职原因及实际工作情况等。

一、协议合法性角度

1. 若协议合法有效：如果公司与员工签订的关于年终薪酬支付的协议，是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是合法有效的。在这种情况下，协议约定离职后不支付年终部分薪酬，公司可以依据协议不支付。例如，协议中明确约定“员工离职时，无论何种原因，均不享受当年年终薪酬”，且该条款在签订时公司已向员工进行了充分说明，员工也表示认可，那么公司就可以按照协议执行。
2. 若协议存在违法情形：如果协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，或者违反了法律法规的强制性规定，那么该协议可能是无效或可撤销的。例如，公司利用其优势地位，在协议中设置不合理的条款，限制员工的合法权益，员工可以依法主张协议无效或撤销，要求公司支付年终部分薪酬。

二、公司规章制度角度

1. 规章制度合法且明确：如果公司的规章制度中明确规定了年终薪酬的支付条件、标准和方式，且该规章制度是经过民主程序制定、公示或告知员工的，那么公司可以依据规章制度来决定是否支付离职员工的年终部分薪酬。例如，规章制度中规定“员工在年终前离职的，不享受当年年终薪酬”，且该规定已经向员工进行了公示或告知，员工也未提出异议，那么公司可以按照规章制度执行。
2. 规章制度不合法或不明确：如果公司的规章制度存在违法情形，或者对年终薪酬的支付条件、标准和方式规定不明确，那么该规章制度可能无法作为公司拒绝支付年终部分薪酬的依据。在这种情况下，公司需要与员工进行协商，或者依据相关法律法规和行业惯例来确定是否支付年终部分薪酬。

三、员工离职原因及实际工作情况角度

1. 员工主动离职且无过错：如果员工是主动离职，且在离职前没有违反公司的规章制度或劳动合同的约定，那么公司应当根据员工的实际工作情况和贡献，合理确定是否支付年终部分薪酬。如果员工在公司工作期间表现优秀，为公司做出了重要贡献，那么公司应当考虑支付一定的年终薪酬作为奖励。
2. 员工被辞退或因公司原因离职：如果员工是被公司辞退，或者因公司的原因（如公司破产、重组、业务调整等）导致离职，那么公司更应当根据员工的实际工作情况和贡献，支付相应的年终部分薪酬。在这种情况下，公司拒绝支付年终薪酬可能会引发劳动纠纷，对公司的声誉和形象造成负面影响。

建议：对于员工而言，在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于薪酬支付的条款，确保自己的合法权益得到保障。如果公司拒绝支付年终部分薪酬，员工可以与公司进行协商，或者依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解、仲裁，维护自己的合法权益。对于公司而言，应当制定合法、合理、明确的规章制度和劳动合同条款，规范薪酬支付行为，避免引发劳动纠纷。如果遇到复杂的劳动纠纷问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。