招标过程中仅有两家单位参与开标，在符合法定条件的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
合法性分析
法定投标人数要求：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，对于一般项目，招标人组织招标时，并不强制要求必须有三家或以上的投标人参与。只要招标过程公开、公平、公正，且招标文件没有设置不合理的限制条件，即使只有两家单位参与投标，也是合法的。
特殊情况下的处理：
- 在某些特定情况下，如采用邀请招标方式时，如果经过资格预审后合格的投标人不足三家，但招标人认为仍具有竞争性，并决定继续招标的，此时仅有两家单位参与开标也是被允许的。
- 另外，如果招标项目因技术复杂、专业性强或者国家有特殊要求，只有少量潜在投标人可供选择，且经过招标人详细评估后认为两家投标人已能满足项目需求，此时也可以进行招标。
招标过程的合规性：
- 无论参与投标的单位数量多少，招标人都必须确保招标过程的公开、公平、公正。这包括招标文件的编制、发布、澄清、修改，以及开标、评标、定标等各个环节的合规性。
- 招标人不得设置不合理的条件限制或者排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇。
实际操作建议
审查招标文件：
- 招标人在编制招标文件时，应确保文件内容合法、合规，不设置不合理的限制条件。
- 招标文件应明确投标人的资格要求、评标标准和方法等关键内容，以便潜在投标人准确理解招标要求。
加强招标过程管理：
- 招标人应加强对招标过程的管理和监督，确保各个环节的合规性。
- 在开标、评标等关键环节，招标人应邀请相关监督部门或第三方机构进行现场监督，以确保招标过程的公正性。
考虑项目实际情况：
- 在决定是否进行招标时，招标人应充分考虑项目的实际情况和需求。如果项目技术复杂、专业性强或者国家有特殊要求，且只有少量潜在投标人可供选择时，招标人应谨慎评估两家投标人是否能满足项目需求。
可能的法律后果
- 如果招标过程存在违法违规行为，如设置不合理的限制条件、排斥潜在投标人等，可能会面临行政处罚或法律诉讼等风险。
- 如果因招标过程不合规导致中标结果无效或合同被撤销等后果，招标人可能需要承担相应的赔偿责任。
综上所述，招标过程中仅有两家单位参与开标在符合法定条件的情况下是合法的。但招标人应确保招标过程的公开、公平、公正，并加强招标过程的管理和监督。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。