非法吸收公众存款案件中，已付利息是否在总金额中扣除需根据具体情况而定。以下是对该问题的详细分析：
一、利息扣除的基本原则
非法吸收公众存款行为本身违法，所获取的利息等收益属于违法所得孳息，应依法追缴并计入犯罪金额。在司法追赃挽损过程中，通常要求集资参与人退还实际取得的利息、分红等回报，以最大程度挽回损失和恢复经济秩序。这是处理此类案件的基本原则。
二、利息扣除的具体情形
利息预先扣除的情形：
- 若行为人在收到投资人本金的同时或之前已预先扣除了利息，则这部分利息应从犯罪数额中扣除。因为在此情况下，行为人实际获取的金额已扣除了利息，利息并未成为其非法占有的部分。例如，若行为人向投资人借款100万元，但预先扣除了10万元利息，实际只获取了90万元，则犯罪数额应为90万元，而非100万元。
利息后续支付的情形：
- 若行为人先收取本金，在经过一段时间后才按照约定支付利息，则支付的利息不应从犯罪数额中扣除。因为法律规定的犯罪金额通常指行为人实际获取的利润或非法财产收益，不包括后续支付的利息等其他费用。例如，若行为人先收取了投资人100万元本金，后支付了10万元利息，则犯罪数额仍为100万元，利息10万元需依法追缴，但不从犯罪数额中扣除。
三、特殊情况的处理
- 若集资参与人本金尚未归还，且所获利息、分红等回报小于本金损失，部分司法机关可能考虑实际情况，在计算犯罪金额和确定追赃范围时，不强行要求退还已取得的利息。这是为了体现法律的公平性和合理性，避免对集资参与人造成过大的经济损失。
- 利息支付时间的影响还需结合具体案情和司法实践来判断。不同地区的司法机关可能对利息扣除问题存在差异，因此在实际操作中需根据当地司法机关的具体规定和解释来执行。
四、民事执行阶段的处理
- 在民事执行环节，若集资参与人要求从犯罪嫌疑人处获得赔偿，计算赔偿金额时通常会扣除已支付给集资参与人的利息，以避免重复计算。例如，若集资参与人投入本金100万元，期间获得10万元利息，则最终应返还的本息合计会扣除这10万元利息，即返还90万元本金（若本金未全部损失）或相应比例的本金和利息（若本金部分损失）。
五、法律建议
- 对于非法吸收公众存款案件的集资参与人，应积极配合司法机关的调查和追赃挽损工作，如实提供相关证据和信息。
- 若对利息扣除问题存在疑问或争议，可及时向专业律师咨询，了解自身权益和义务，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，非法吸收公众存款案件中已付利息是否在总金额中扣除需根据具体情况而定。在处理此类案件时，应综合考虑法律原则、公平合理以及最大限度挽回损失等多方面因素进行综合判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。