在行政诉讼期间，强占农民耕地建厂的行为一般不可以继续施工。以下从不同角度进行分析：
从行政诉讼的目的和性质来看：
行政诉讼是公民、法人或者其他组织认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益，依法向人民法院提起诉讼，由人民法院依法进行审理并作出裁判的活动。其目的在于解决行政争议，保护公民、法人和其他组织的合法权益，监督行政机关依法行使职权。在行政诉讼期间，如果允许被诉的行政行为（如强占耕地建厂的行政许可或行政强制行为）继续执行，可能会对原告的合法权益造成难以弥补的损害，也不利于法院对案件的公正审理。
从相关法律规定来看：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第五十六条的规定，诉讼期间，不停止行政行为的执行。但有下列情形之一的，裁定停止执行：（一）被告认为需要停止执行的；（二）原告或者利害关系人申请停止执行，人民法院认为该行政行为的执行会造成难以弥补的损失，并且停止执行不损害国家利益、社会公共利益的；（三）人民法院认为该行政行为的执行会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的；（四）法律、法规规定停止执行的。在强占农民耕地建厂的案件中，如果原告（农民）申请停止执行，且法院认为该行政行为的执行会造成难以弥补的损失（如耕地被永久破坏、农民失去生活来源等），并且停止执行不损害国家利益、社会公共利益的，法院可以裁定停止执行。
- 此外，如果强占耕地建厂的行为本身违反了土地管理、城乡规划等相关法律法规的规定，那么该行为从一开始就是违法的，无论是否进入行政诉讼程序，都不应该继续施工。
从实际后果来看：
如果允许在行政诉讼期间继续施工，可能会导致耕地被进一步破坏，农民的合法权益受到更大损害。同时，这也可能给后续的行政诉讼审理带来困难，如证据收集、现场勘查等。因此，从保护农民合法权益和确保行政诉讼公正审理的角度出发，一般不允许在行政诉讼期间继续施工。
建议：
- 如果农民发现有人强占其耕地建厂，并且已经进入了行政诉讼程序，那么应该及时向法院申请停止执行，并提供相关证据证明该行政行为的执行会造成难以弥补的损失。
- 同时，农民也可以向当地土地管理部门、城乡规划部门等相关行政机关举报该违法行为，要求其依法履行职责，制止违法行为并恢复耕地原状。
- 在整个过程中，农民应该保留好相关证据，如土地权属证明、现场照片、视频等，以便在行政诉讼中维护自己的合法权益。