公司辞退员工后约定两年付清补偿的做法，通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律对经济补偿支付时间的规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定，用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。这意味着，经济补偿原则上应在劳动关系解除或终止时一次性付清，而不是拖延至两年后。

约定两年付清可能存在的问题

1. 违反法律强制性规定：如前所述，法律明确规定了经济补偿的支付时间，公司约定两年付清，显然违反了这一强制性规定，因此该约定在法律上是无效的。
2. 损害劳动者权益：劳动者在失去工作后，往往需要经济补偿来维持生活或寻找新的工作机会。如果公司拖延支付经济补偿，将给劳动者带来经济上的困难和不确定性，损害其合法权益。

特殊情况下的支付安排

虽然法律原则上要求经济补偿一次性付清，但在某些特殊情况下，如公司确实存在资金困难等合理理由，且与劳动者协商一致并签订书面协议的情况下，可能可以分期支付。然而，这种分期支付必须得到劳动者的明确同意，并且支付期限和方式应当合理、明确。即便如此，两年付清的期限也显得过长，不太可能得到法律的支持和劳动者的同意。

劳动者的应对措施

如果公司提出辞退并约定两年付清补偿，劳动者可以采取以下措施：

1. 拒绝不合理要求：明确告知公司，这种支付方式违反了法律规定，自己无法接受。
2. 协商解决方案：与公司协商，争取在更合理的时间内（如几个月内）付清经济补偿。
3. 寻求法律援助：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结来说，公司辞退员工后约定两年付清补偿的做法通常是不合法的。劳动者在面对这种情况时，应坚决拒绝不合理要求，并积极寻求法律援助以维护自己的权益。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁的问题，可以直接向我咨询。