结论前置：漏打卡三次扣一千多工资是否合理，需结合具体情况判断，但通常情况下，若公司规章制度未经民主程序制定、未公示或扣款比例过高，则该扣款行为可能不合理甚至违法。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度需合法有效
民主程序制定：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若公司规章制度未经此程序制定，则可能因程序违法而无效。
公示或告知：规章制度制定后，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。若公司未公示或告知，劳动者有权主张该规章制度对其不产生约束力。
二、扣款比例需合理
法律限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
合理性判断：漏打卡三次扣一千多工资，若劳动者月工资较高，且扣款后剩余工资仍高于当地最低工资标准，且公司规章制度中有明确规定，则可能在一定程度上被视为合理。但若扣款比例过高，或扣款后剩余工资低于最低工资标准，则该扣款行为可能违法。
三、具体案例分析
假设劳动者月工资为5000元，漏打卡三次扣一千多工资，即扣款比例超过20%（1000/5000=20%，但“一千多”可能超过20%），且若扣款后剩余工资低于当地最低工资标准，则该扣款行为违法。此时，劳动者有权要求公司返还多扣的工资，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、建议与行动
核查规章制度：劳动者应首先核查公司规章制度是否经过民主程序制定、是否公示或告知，以及扣款比例是否合理。
与公司协商：若发现公司规章制度存在问题或扣款比例过高，劳动者可与公司协商，要求公司返还多扣的工资。
投诉或仲裁：若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：漏打卡三次扣一千多工资是否合理，需结合公司规章制度的合法性、扣款比例的合理性以及具体案例情况来判断。若公司规章制度未经民主程序制定、未公示或扣款比例过高，则该扣款行为可能不合理甚至违法。劳动者在遇到此类问题时，应积极核查规章制度、与公司协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。