学校扣教师工资是否合法，需根据具体情况判断，无故克扣或超出法定标准的扣款是违法的，而基于法定代扣代缴、员工过错损失赔偿及合规规章制度下的扣款则是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的扣工资情形
法定代扣代缴：
- 学校依法代扣代缴个人所得税、社会保险费用、住房公积金等，这是符合《个人所得税法》等相关法律法规规定的。
- 若法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等，学校依据生效法律文书进行代扣也是合法的。
因教师过错造成损失：
- 教师因故意或重大过失给学校造成经济损失时，学校可按劳动合同约定或相关规章制度扣除工资作为赔偿。但每月扣除部分不得超过教师当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，若教师因疏忽导致学校设备损坏，学校可根据实际情况，在不超过上述限制的前提下，从教师工资中扣除相应赔偿。
依据规章制度扣除：
- 学校制定的规章制度若经过民主程序制定，内容不违反法律法规强制性规定，并已向教师公示或告知，则教师违反时可按规定扣除工资。比如，学校规定教师无故旷工需扣除一定比例的工资，且该规定已向全体教师公示，那么在教师出现无故旷工情况时，学校可依据此规定扣除工资。
二、不合法的扣工资情形
无故克扣：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。学校无任何正当理由随意扣除教师工资，违反了该规定。例如，学校无正当理由突然扣除教师部分工资，且未给出合理解释，这种行为就是违法的。
超法定标准扣除：
- 扣除工资比例超过教师当月工资的20%，或扣除后工资低于当地月最低工资标准，均属违法。比如，教师当月工资为5000元，学校扣除3000元作为赔偿，这显然超过了20%的限制，且扣除后工资低于最低工资标准，此行为违法。
以扣工资作为威胁或惩罚手段：
- 学校不得以扣工资相威胁，强迫教师从事不合理工作任务或接受不合理工作安排，此行为违法。例如，学校以扣工资为威胁，要求教师承担超出其职责范围的工作任务，这种行为是不合法的。
三、教师权益保护与应对措施
沟通了解：
- 教师应首先与学校沟通，了解扣款原因并要求提供扣款依据。如为误解或误操作，可要求立即退还扣款。比如，教师发现工资被扣后，及时与学校财务部门或人事部门沟通，询问扣款原因，若学校无法提供合理依据，教师可要求退还扣款。
法律途径维权：
- 若沟通无果，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条指出，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令；也可依法申请仲裁、提起诉讼，以维护自身合法权益。例如，教师与学校沟通后，学校仍拒绝退还扣款，教师可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，若对仲裁结果不满，还可向人民法院提起诉讼。
知晓法律底线：
- 教师应了解并熟悉相关法律法规，确保自己的权益不受侵害。同时，学校也应加强内部管理，确保扣款行为的合法性。教师可通过学习《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，了解自己的权益和学校的义务，以便在权益受到侵害时及时维权。
综上所述，学校扣教师工资需遵循法律法规，确保扣款行为的合法性与合理性。教师在面临扣款问题时，应积极沟通并采取相应措施维护自身权益。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。